食品中的“指示菌"是在常規(guī)衛(wèi)生監(jiān)測(cè)中，用以指示檢品衛(wèi)生狀況及安全性的指示性微生物。常規(guī)檢驗(yàn)指示菌的目的，主要是以衛(wèi)生指示菌在檢品存在與否以及數(shù)量的多少為依據(jù)，對(duì)照國(guó)家衛(wèi)生標(biāo)準(zhǔn)，對(duì)檢品的飲用、食用或使用的安全性做出評(píng)價(jià)。
依據(jù)目前實(shí)際應(yīng)用情況可將指示菌分為兩種類型：
第一種類型的指示菌是為了評(píng)價(jià)被檢樣品的一般衛(wèi)生質(zhì)量、污染程度以及安全性，常用的是菌落總數(shù)、霉菌和酵母菌數(shù)。
第二種類型是特指糞便污染的指示菌，主要指大腸桿菌和大腸菌群，其它還有腸球菌、亞硫酸鹽還原梭菌等。它們的檢出標(biāo)志著檢品受過(guò)人、畜糞便的污染，而且有腸道病原微生物存在的可能性。
菌落總數(shù)是指示性微生物指標(biāo)，不是致病菌指標(biāo)，反映食品在生產(chǎn)過(guò)程中的衛(wèi)生狀況。如果食品的菌落總數(shù)嚴(yán)重超標(biāo)，將會(huì)破壞食品的營(yíng)養(yǎng)成分，使食品失去食用價(jià)值；還會(huì)加速食品腐敗變質(zhì)，可能危害人體健康。菌落總數(shù)超標(biāo)的原因，可能是企業(yè)未按要求嚴(yán)格控制生產(chǎn)加工過(guò)程的衛(wèi)生條件，也可能與產(chǎn)品包裝密封不嚴(yán)或儲(chǔ)運(yùn)條件不當(dāng)?shù)扔嘘P(guān)。 食品的菌落總數(shù)嚴(yán)重超標(biāo)，說(shuō)明其產(chǎn)品的衛(wèi)生狀況達(dá)不到基本的衛(wèi)生要求，菌落總數(shù)超標(biāo)也意味著致病菌超標(biāo)的機(jī)會(huì)增大，增加危害人體健康的幾率。消費(fèi)者食用微生物超標(biāo)嚴(yán)重的食品，很容易患痢疾等腸道疾病，危害人體健康安全。
大腸菌群是國(guó)內(nèi)外通用的食品污染常用指示菌之一。食品中大腸菌群不合格，說(shuō)明食品存在衛(wèi)生質(zhì)量缺陷，提示該食品中存在被腸道致病菌污染的可能，對(duì)人體健康具有潛在危害，尤其對(duì)老人、小孩的危害更大。大腸菌群超標(biāo)的原因，可能是包裝材料受污染，或在生產(chǎn)過(guò)程中產(chǎn)品受到人員、工具器具等生產(chǎn)設(shè)備、環(huán)境污染。
菌落總數(shù)和大腸菌群超標(biāo)的食品，說(shuō)明其衛(wèi)生狀況未達(dá)到基本衛(wèi)生要求，存在致病微生物污染的潛在風(fēng)險(xiǎn)。食品原料、生產(chǎn)加工環(huán)境或加工環(huán)節(jié)的不規(guī)范操作是導(dǎo)致微生物指標(biāo)超標(biāo)的主要原因。
如何理性看待食品中的“指示菌超標(biāo)"呢？一是消費(fèi)者要了解大腸菌群指標(biāo)的實(shí)質(zhì)性意義，它不會(huì)對(duì)健康造成直接的危害。二是要懂得經(jīng)過(guò)適當(dāng)?shù)募訜峄蛘呤窃偌庸?，做到位了，即使菌落總?shù)超標(biāo)，也不會(huì)帶來(lái)大的風(fēng)險(xiǎn)。
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