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羅氏454測序系統(tǒng)新近解讀大西洋鱈魚基因組
閱讀：1185 發(fā)布時間：2011-9-2| | |
zui近《自然》雜志在線發(fā)表的一項研究中，一個研究小組完成了大西洋鱈魚全基因組測序，并意外發(fā)現(xiàn)這個物種的*的免疫系統(tǒng)。由奧斯陸大學(xué)領(lǐng)導(dǎo)，挪威的大學(xué)以及水產(chǎn)生物研究機(jī)構(gòu)利用羅氏公司454測序系統(tǒng)完成了這一高度復(fù)雜的鱈魚的基因組的全新測序，而其所用測序方法的時間和成本比起傳統(tǒng)方法而言的只是一小部分。引人注目的是，研究人員發(fā)現(xiàn)，大西洋鱈魚的免疫系統(tǒng)丟失了許多被認(rèn)為對于免疫系統(tǒng)是非常重要的基因。這一調(diào)查結(jié)果對于所有的脊椎動物免疫系統(tǒng)的進(jìn)化過程提供了新的思路。
奧斯陸大學(xué)生態(tài)和進(jìn)化的合成研究中心Kjetill南教授雅各布森說：“我們的目標(biāo)是利用的測序技術(shù)獲得的大西洋鱈魚整個基因組序列，我們原本并沒有預(yù)計會發(fā)現(xiàn)大西洋鱈魚的其免疫系統(tǒng)缺失一些對于于免疫而言的重要組成部分。”盡管缺少對于主要組織相容性復(fù)合體（MHC）II途徑的一些必要的基因，大西洋鱈魚通過增加的MHC I基因和Toll樣受體基因的數(shù)量來維持其正常的免疫功能。這一發(fā)現(xiàn)將幫助更有針對性的開發(fā)疫苗研制，以協(xié)助大西洋鱈魚的疾病管理和馴化過程。 這次完整的基因組的測序工作*由454測序系統(tǒng)完成，使用了GS FLX Titanium的3 KB，8 KB和20 KB paired end 以及shot gun方案。zui終，研究人員獲得40倍的基因組的覆蓋面和運(yùn)用454 GS的De Novo序列拼接軟件（Newbler）繪制出了高質(zhì)量的草圖。該研究組計劃利用注釋后的基因組確定與水產(chǎn)養(yǎng)殖及野生的鱈魚重要性狀相關(guān)的基因及其變異。 點擊索取454測序儀的資料 Kjetill S. Jakobsen 教授說：“我們的研究很清楚地表明，只使用454系統(tǒng)已經(jīng)完成大基因組的測序以及的全新基因組拼接。我們發(fā)現(xiàn)長讀長數(shù)據(jù)對保證結(jié)果質(zhì)量是*。我們的下一步是使用zui近推出的GS FLX+系統(tǒng)的更長的讀長來提高鱈魚基因組序列的拼接。我們相信超過800bp的讀長將會幫助我們完成鱈魚轉(zhuǎn)錄組測序及完整的基因組注釋。” 454 Life Sciences研發(fā)部門的James Knight說：“這是454測序系統(tǒng)又一次完成從測序、基因組拼接到基因注釋的實例。我們超長讀長，準(zhǔn)確的測序結(jié)果和優(yōu)化基因組拼接軟件可以幫助任何規(guī)模的實驗室有效地開展這種類型的大的測序項目。” |
