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基因表達(dá)分析新技術(shù)（二）
閱讀：687 發(fā)布時(shí)間：2011-11-12生物通報(bào)道：科學(xué)家們?yōu)榱四苌钊肓私馓禺愋曰虮磉_(dá)，發(fā)展了許多實(shí)驗(yàn)技術(shù)，比如芯片技術(shù)，PCR，高通量測(cè)序等，但是要想得到的結(jié)果，仍然依賴于實(shí)驗(yàn)操作人員對(duì)于技術(shù)掌握的熟練程度。而且隨著基因表達(dá)研究越來(lái)越多，為了確保公布的結(jié)果的性，對(duì)于相關(guān)分析也越來(lái)越嚴(yán)格。不過(guò)所幸目前也有了更多基因表達(dá)分析相關(guān)的產(chǎn)品，這些產(chǎn)品帶來(lái)的新技術(shù)也許能幫助我們解決難題。生物通 www.ebiotrade.com
接上文Science：基因表達(dá)分析新技術(shù)（一）
高通量芯片應(yīng)用思路交流會(huì)，與專家面對(duì)面，不容錯(cuò)過(guò)！生物通 www.ebiotrade.com
多重PCR需要多條引物，而要確認(rèn)擴(kuò)增的特異性，就得先保證引物的靶標(biāo)特異性，在這方面，Beckman Coulte公司推出了一款引物設(shè)計(jì)軟件：eXpress Designer，這一軟件能配合Beckman本身的幾個(gè)PCR產(chǎn)品，完成，特異性強(qiáng)的設(shè)計(jì)。Beckman的產(chǎn)品Handy Yowanto還指出了引物設(shè)計(jì)的幾個(gè)小貼士——首先要確保引物是跨越內(nèi)含子的片段（intron spanning），并盡量減少基因組其它DNA的干擾。同時(shí)也不要涉及到SNPs出現(xiàn)的位置，因?yàn)檫@也許會(huì)減少產(chǎn)量。除此之外，當(dāng)然更多的操作能增加設(shè)計(jì)的熟練程度，隨著對(duì)于這項(xiàng)技術(shù)在不同實(shí)驗(yàn)中的應(yīng)用，設(shè)計(jì)引物也會(huì)變得越來(lái)越容易。
qPCR標(biāo)準(zhǔn)生物通 www.ebiotrade.com
要從PCR實(shí)驗(yàn)中獲得的結(jié)果需要注意到大量的細(xì)節(jié)，早在1997年，倫敦大學(xué)瑪麗皇后學(xué)院的分子生物學(xué)教授Stephen Bustin就意識(shí)到了這個(gè)方面，他表示，而且研究人員在發(fā)表文章的時(shí)候也沒(méi)有提供詳細(xì)的有關(guān)如何操作定量PCR的詳細(xì)信息，有時(shí)信息還是錯(cuò)誤的，這造成了不少問(wèn)題。
2009年，Bustin教授與他的同事出版了定量實(shí)時(shí)PCR實(shí)驗(yàn)的指導(dǎo)手冊(cè)：MIQE，這一免費(fèi)手冊(cè)得到了Bio-Rad公司的支持（Bio-Rad公司贊助推出*個(gè)MIQE qPCR iPad app），其它一些大型的供應(yīng)商，比如安捷倫，Life Technologies，Thermo Fisher也都提供了重要的信息，除此之外來(lái)自比利時(shí)Biogazelle公司還補(bǔ)充了qbasePLUS這一qPCR分析軟件——這是MIQE中*提及的分析軟件。生物通 www.ebiotrade.com
這一MIQE（Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments）為研究人員提供了必要的資源和核對(duì)表，提供了一套在上推出的指導(dǎo)方針，就評(píng)價(jià)QPCR實(shí)驗(yàn)和發(fā)表文章時(shí)所必需的實(shí)驗(yàn)信息提出了zui低限度的標(biāo)準(zhǔn), 也提供了一個(gè)出版時(shí)所要附帶的checklist。目前MIQE可從蘋果的App Store商店免費(fèi)獲得，MIQE qPCR app幫助研究人員實(shí)現(xiàn)了qPCR實(shí)驗(yàn)的準(zhǔn)確、透明和可靠。該應(yīng)用中不同顏色的核對(duì)表區(qū)分了必要和可取的MIQE要求，并直觀地顯示了過(guò)程。用戶可直接鏈接到MIQE相關(guān)的文獻(xiàn)，或者通過(guò)電子郵件向?qū)＜以儐?wèn)有關(guān)qPCR或MIQE的問(wèn)題。應(yīng)用中有著的qPCR資源、參考文獻(xiàn)和新聞。
單細(xì)胞表達(dá)分析生物通 www.ebiotrade.com
平均數(shù)據(jù)是個(gè)謊言，對(duì)于基因表達(dá)來(lái)說(shuō)，平均數(shù)據(jù)并不能代表整個(gè)群體中任何一個(gè)細(xì)胞的特征，比如說(shuō)，某種特異基因的表達(dá)柱形圖也許只代表了兩個(gè)不同細(xì)胞群中的兩個(gè)峰值。而且有時(shí)候真相只存在于單細(xì)胞，而不是群體水平細(xì)胞中，許多生物過(guò)程也許就只是單個(gè)細(xì)胞驅(qū)使，或者說(shuō)調(diào)控的。
但是要分析單細(xì)胞并不容易，而且如果在分析單細(xì)胞的時(shí)候，只關(guān)注到一些基因，也許就會(huì)錯(cuò)失表達(dá)模式機(jī)制，來(lái)自Fluidigm公司的BioMark HD高通量基因分析系統(tǒng)也許能幫助解決這個(gè)問(wèn)題——這一系統(tǒng)配合其動(dòng)態(tài)芯片，能同時(shí)追蹤96個(gè)細(xì)胞中的96個(gè)基因。生物通 www.ebiotrade.com
單細(xì)胞分析的另外一個(gè)問(wèn)題就是分辨率，天然的單細(xì)胞十分小，這也就意味著實(shí)驗(yàn)樣品的材料并不多，研究人員需要對(duì)這些寶貴的材料進(jìn)行有效的分析，這需要高性能微流體來(lái)幫忙，BioMark HD的一大創(chuàng)新點(diǎn)就是集成流體通路（Integrated Fluidic Circuit，IFC）技術(shù)，這一技術(shù)利用集成電路制作工藝在硅片或石英玻璃上刻上許多微管和微腔體，通過(guò)不同的控制閥門控制溶液在其中的流動(dòng)來(lái)實(shí)現(xiàn)生物樣品的分液、混合、PCR擴(kuò)增。這一技術(shù)極大地簡(jiǎn)化了生物樣品和試劑的分液操作，提高分析通量和靈敏度，其納升級(jí)的反應(yīng)體系為高通量的基因分析應(yīng)用節(jié)省大量成本（試劑用量更少，樣品量更少）。
除此之外，F(xiàn)luidigm公司的Dynamic Array（48.48動(dòng)態(tài)芯片和96.96動(dòng)態(tài)芯片）和Digital Array（12.765數(shù)碼芯片和48.770數(shù)碼芯片）能應(yīng)用于不同的基因分析，比如拷貝數(shù)變化分析、遺傳突變檢測(cè)、基因分型、基因定量、單細(xì)胞基因表達(dá)等，這有利于研究人員的進(jìn)一步分析檢測(cè)。