生物通報(bào)道：2005年美國國立癌癥研究協(xié)會(huì)（the National Cancer Institute, NCI）和國家人類基因組計(jì)劃研究協(xié)會(huì)（the National Human Genome Research Institute, NHGRI）各投入資金5千萬美元，準(zhǔn)備進(jìn)行一項(xiàng)為時(shí)多年的癌癥基因組試驗(yàn)性質(zhì)的計(jì)劃，主要目的是分析全面測(cè)序癌癥基因序列改變是否對(duì)了解癌癥和獲得新的診斷治療方法有一定的幫助。
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當(dāng)時(shí)就有人對(duì)此表示了懷疑，認(rèn)為這項(xiàng)計(jì)劃過于天真了，因?yàn)檫@一癌癥基因組測(cè)序信噪比需要6到7維尺寸，很難操作。但是經(jīng)過多年的研究，這項(xiàng)癌癥和腫瘤基因圖譜（TCGA）計(jì)劃已經(jīng)獲得了越來越多的成果，也對(duì)癌癥研究產(chǎn)生了許多正面的影響。在出版的Nature雜志上，TCGA計(jì)劃研究組成員又報(bào)告了卵巢癌的研究成果：漿液性卵巢囊腺癌（serous ovarian adenocarcinoma）中的mRNA和miRNA序列分析，啟動(dòng)子甲基化，DNA拷貝數(shù)，以及316個(gè)樣品中編碼基因外顯子組的序列分析等。
這是癌癥基因組研究的又一重要成果，卵巢癌是女性生殖器官常見的腫瘤之一，發(fā)病率僅次于子宮頸癌和子宮體癌而列居第三位。但卵巢癌致死者，卻占各類婦科腫瘤的*，對(duì)女性生命造成嚴(yán)重威脅。據(jù)統(tǒng)計(jì)，每年新增大約20萬卵巢癌患者，并有11.5萬患者死亡。漿液性囊腺瘤占卵巢良性腫瘤的25%，也是卵巢惡性腫瘤中zui常見者，約占40—50%，對(duì)于這種疾病的深入研究有助于預(yù)防與治療漿液性囊腺瘤。
在這篇文章中，研究人員分析了489個(gè)高度病變漿液性卵巢囊腺癌樣品中mRNA和miRNA的表達(dá)，啟動(dòng)子甲基化，DNA拷貝數(shù)，以及316個(gè)樣品中編碼基因外顯子組的序列，這些研究結(jié)果有助于確定新的腫瘤亞型。
研究人員還發(fā)現(xiàn)雖然p53腫瘤抑制因子在幾乎所有腫瘤中都發(fā)生了突變，但包括NF1、BRCA1、BRCA2、 RB1和 CDK12在內(nèi)的9個(gè)位點(diǎn)也攜帶復(fù)發(fā)性的、盡管流行度較低的突變。同源重組在約一半的這些腫瘤中是有缺陷的，Notch和FOXM1信號(hào)作用也牽涉到了病理生理過程中。這些研究成果將有助于卵巢癌的基礎(chǔ)病理，以及臨床預(yù)防和治療。
除此之外，近期來自美國的研究人員也獲得了卵巢癌的研究成果：卵巢癌可能始自輸卵管，而非卵巢。
研究人員通過在實(shí)驗(yàn)室模擬卵巢癌形成過程，提取一些輸卵管細(xì)胞并改變它們的基因片段，使其能夠像癌細(xì)胞那樣分裂。實(shí)驗(yàn)顯示，和真正的癌細(xì)胞一樣，這些癌細(xì)胞可以迅速增殖，并離開原發(fā)組織，在其他組織內(nèi)生長。如果把這些癌細(xì)胞植入動(dòng)物體內(nèi)，它們能夠催生在結(jié)構(gòu)、行為和基因構(gòu)成上與人類嚴(yán)重卵巢癌極其類似的腫瘤。
輸卵管是從女性卵巢連通至陰道的管道，包括中輸卵管和側(cè)輸卵管，卵子經(jīng)此管道排出。這一研究表明卵巢癌可能來自輸卵管細(xì)胞，它將有助于尋找新的卵巢癌生物標(biāo)記物，為今后的卵巢癌治療提供了新的思路。
附：
癌癥和腫瘤基因圖譜（TCGA）計(jì)劃簡介
據(jù)統(tǒng)計(jì)，每年新增癌癥患者達(dá)700萬人，死于癌癥的病人達(dá)500萬人，60％的患者確診后只能存活5年。目前已知的癌癥有200多種，但是，無論什么癌癥，在腫瘤的特殊類別（分型）或發(fā)展的不同分期方面都發(fā)現(xiàn)有基因組的特異變化，而正是基因組的改變（突變）導(dǎo)致了細(xì)胞分化、發(fā)育和生長通路的不正常，從而引發(fā)細(xì)胞不正常地失控增殖、生長。
美國政府發(fā)起的癌癥和腫瘤基因圖譜（Cancer Genome Atlas，TCGA）計(jì)劃，試圖通過應(yīng)用基因組分析技術(shù)，特別是采用大規(guī)模的基因組測(cè)序，將人類全部癌癥（近期目標(biāo)為50種包括亞型在內(nèi)的腫瘤）的基因組變異圖譜繪制出來，并進(jìn)行系統(tǒng)分析，旨在找到所有致癌和抑癌基因的微小變異，了解癌細(xì)胞發(fā)生、發(fā)展的機(jī)制，在此基礎(chǔ)上取得新的診斷和治療方法，zui后可以勾畫出整個(gè)新型“預(yù)防癌癥的策略”。 2005年12月13日，這一項(xiàng)目由美國國家癌癥和腫瘤研究所（NCI）和國家人類基因組研究所（NHGRI）聯(lián)合進(jìn)行，預(yù)計(jì)耗資1億美元。
和人類基因組計(jì)劃（HGP）相似，TCGA是另一項(xiàng)以基因組為基礎(chǔ)的大科學(xué)研究計(jì)劃，它以人類基因組計(jì)劃的成果為基礎(chǔ)，研究癌癥中基因組的變化。與HGP專注于疾病的遺傳因素（與生俱來）不同，TCGA更關(guān)心人類出生后細(xì)胞中的基因變化（后天變異）。大部分癌癥在威脅到健康之前都會(huì)產(chǎn)生幾種體細(xì)胞突變（somatic mutations），而這些所謂的體細(xì)胞或獲得性突變是不可遺傳的。TCGA是迄今為止世界上所進(jìn)行的zui大一項(xiàng)基因工程，差不多能抵上100多個(gè)HGP，在3年探索初期就要繪制出比HGP更多的基因圖譜。繪制癌癥基因圖譜有助于把研究人員從目前逐個(gè)追蹤基因的大量勞動(dòng)中解放出來，便于迅速設(shè)計(jì)和找到針對(duì)性抗癌藥物。
原文摘要：
Integrated genomic analyses of ovarian carcinoma
A catalogue of molecular aberrations that cause ovarian cancer is critical for developing and deploying therapies that will improve patients’ lives. The Cancer Genome Atlas project has analysed messenger RNA expression, microRNA expression, promoter methylation and DNA copy number in 489 high-grade serous ovarian adenocarcinomas and the DNA sequences of exons from coding genes in 316 of these tumours. Here we report that high-grade serous ovarian cancer is characterized by TP53 mutations in almost all tumours （96%）; low prevalence but statistically recurrent somatic mutations in nine further genes including NF1, BRCA1, BRCA2, RB1 and CDK12; 113 significant focal DNA copy number aberrations; and promoter methylation events involving 168 genes. Analyses delineated four ovarian cancer transcriptional subtypes, three microRNA subtypes, four promoter methylation subtypes and a transcriptional signature associated with survival duration, and shed new light on the impact that tumours with BRCA1/2 （BRCA1 or BRCA2） and CCNE1 aberrations have on survival. Pathway analyses suggested that homologous recombination is defective in about half of the tumours analysed, and that NOTCH and FOXM1 signalling are involved in serous ovarian cancer pathophysiology.
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