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Nature Communications發(fā)布新基因組草圖
閱讀:692 發(fā)布時間:2014-11-21 來浙江海洋學(xué)院、上海交通大學(xué)、復(fù)旦大學(xué)等處的研究人員,成功繪制出了大黃魚(large yellow croaker)的基因組序列草圖,由此揭示出大黃魚具有發(fā)育良好的先天免疫系統(tǒng)。相關(guān)研究成果發(fā)表在11月19日的《自然通訊》(Nature Communications)雜志上。
上海交通大學(xué)的賀林(Lin He)院士、浙江海洋學(xué)院院長吳常文(Changwen Wu)教授以及復(fù)旦大學(xué)的Yun Liu是這篇論文的共同通訊作者(延伸閱讀:賀林院士綜述:疾病全基因組關(guān)聯(lián)分析 )。
大黃魚是中國的一種重要經(jīng)濟海生魚類,主要生活在中國東部和南部的沿海水域。不幸的是,在過去的幾十年里野生種群嚴(yán)重遭受過度捕撈。盡管自1985年以來中國的黃魚人工海產(chǎn)養(yǎng)殖取得了一些進展,水產(chǎn)養(yǎng)殖黃魚有可能降低了遺傳多樣性以及抗病力。
此外,水產(chǎn)養(yǎng)殖的黃魚極易受到各種海洋病原體的侵害,包括細(xì)菌(弧菌、諾卡氏菌和假單胞菌)、病毒(虹彩病毒)和寄生蟲(刺激隱核蟲和本尼登蟲)。傳染病爆發(fā)以及海產(chǎn)養(yǎng)殖黃魚抗病力下降顯著地影響了水產(chǎn)業(yè)。研究人員懷疑,黃魚容易生病有可能是由于其免疫系統(tǒng)的特殊基因組和進化模式所致。
以往在包括黃魚在內(nèi)的一系列硬骨魚類中,科學(xué)家們對幾種免疫相關(guān)基因進行了研究。累積的豐富知識顯示出硬骨魚先天免疫系統(tǒng)的復(fù)雜性,而與適應(yīng)性免疫相關(guān)的信息仍然不足。對黃魚的一些免疫過程進行基因表達分析,發(fā)現(xiàn)了編碼如Toll樣受體(TLRs)、白細(xì)胞介素(ILs)、腫瘤壞死因子(TNFs)等先天防御分子的一些基因在感染后顯著下調(diào)。全基因組測序揭示出大西洋鱈魚*的免疫系統(tǒng):其缺乏編碼組織相容性復(fù)合物(MHC)II類分子、CD4和恒定鏈(Ii)的基因。而MHC I類分子基因擴增補償了CD4+輔助T細(xì)胞的缺失。