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一種優(yōu)于測(cè)序的KRAS突變檢測(cè)方法
閱讀：455 發(fā)布時(shí)間：2014-12-20
KRAS基因參與了多種實(shí)體瘤的發(fā)病，包括結(jié)直腸癌和非小細(xì)胞肺癌等，而KRAS突變的檢測(cè)有助于醫(yī)生選擇對(duì)腫瘤病人zui有效的治療方法。近日，一個(gè)由中國(guó)科學(xué)家領(lǐng)導(dǎo)的團(tuán)隊(duì)在《Journal of Experimental & Clinical Cancer Research》上發(fā)表文章，稱肽核酸鉗制PCR（PNA-PCR）技術(shù)在檢測(cè)KRAS突變上比Sanger測(cè)序更為靈敏。
這篇文章的通訊作者是軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院附屬醫(yī)院消化道腫瘤科主任徐建明教授。在這項(xiàng)研究中，中國(guó)、美國(guó)及意大利的研究人員調(diào)查了416例轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌患者的樣本。這些患者在2007年至2011年期間被送往軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院附屬醫(yī)院，并接受兩個(gè)周期或以上的化療。研究人員回顧性搜索了FFPE樣本中的KRAS突變，以及242個(gè)配對(duì)血漿樣本中的突變。生物通 www.ebiotrade.com
研究人員將PNA-PCR與Applied Biosystems 3100基因分析儀上的直接測(cè)序進(jìn)行了比較。他們還將組織和血漿中的KRAS突變檢測(cè)與化療后的臨床結(jié)果相關(guān)聯(lián)。在FFPE腫瘤組織中，KRAS狀態(tài)與臨床反應(yīng)或無(wú)進(jìn)展生存期之間沒(méi)有關(guān)系。
總體考慮組織和血漿結(jié)果，兩個(gè)樣本中的野生型基因型導(dǎo)致整體生存期中位數(shù)長(zhǎng)5個(gè)月，而通過(guò)PNA-PCR檢測(cè)到組織和血漿樣本中KRAS突變不一致的患者，或兩個(gè)樣本類型中都有突變的患者，生存期縮短。
此外，PNA-PCR檢測(cè)到41%合并樣本中的KRAS基因改變，而測(cè)序只檢測(cè)到30%的突變，這使得作者得出結(jié)論，PNA-PCR是一種更靈敏的檢測(cè)。與血漿相比，突變?cè)诮M織中更頻繁，而在70%的病例中，血漿中的突變狀態(tài)與組織一致。5%的樣本在血漿中表現(xiàn)出突變，而在組織中沒(méi)有，作者將其稱為腫瘤異質(zhì)性。對(duì)于血漿樣本，測(cè)序的KRAS突變檢出率為17%，而PNA-PCR為31%。
研究人員認(rèn)為，KRAS突變狀態(tài)與轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌患者的預(yù)后相關(guān)。腫瘤組織和血漿中的KRAS突變是預(yù)后不良的強(qiáng)大指標(biāo)。
PNA-PCR這項(xiàng)技術(shù)利用肽核酸（peptide nucleic acids）來(lái)鉗制野生型序列的擴(kuò)增。由于PNA與DNA之間的結(jié)合力很強(qiáng)，故結(jié)合了PNA探針的野生型序列無(wú)法擴(kuò)增，而當(dāng)序列發(fā)生突變時(shí)，結(jié)合力變?nèi)?，則能夠在聚合酶的作用下進(jìn)行擴(kuò)增。在這項(xiàng)研究中，PNA探針被用于抑制野生型KRAS基因的密碼子12和13的擴(kuò)增。
其他研究人員也利用這項(xiàng)技術(shù)來(lái)檢測(cè)非小細(xì)胞肺癌以及循環(huán)無(wú)細(xì)胞DNA中的KRAS突變。美國(guó)DiaCarta公司也開(kāi)發(fā)出一種類似的鉗制技術(shù)，利用的是XNA。DiaCarta的一系列試劑盒已經(jīng)通過(guò)CE認(rèn)證，利用這種方法來(lái)檢測(cè)全血樣本中各種癌癥相關(guān)的突變，包括KRAS。（