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觸手可得的無核酸酶水
核酸酶通過減切核酸骨架中的磷酸二酯鍵來降解DNA和RNA。 雖然有些核酸酶是有用的研究工具,但是通??茖W家需要完整的生物樣品信息用于PCR,克隆,測序或基因編輯等應用。因此,研究核酸的科學家需要不含核酸酶的試劑和容器。水作為緩沖液和試劑的主要成分,也應該不含有核酸酶。
可是,核酸酶在實驗室中普遍存在,它們普遍存在于塑料制品和試劑中,甚至可能來自科學家自己(皮膚,唾液等),它們非常穩(wěn)定,難以滅活。因此,經(jīng)常使用DEPC處理來消除它們。
DEPC(焦碳酸二乙酯)是一種有效的非特異性核糖核酸酶抑制劑,用于核糖核酸酶滅活,且已使用了多年。用DEPC對溶液進行化學處理是一種非常有效的方法,但它存在幾個缺點:
安全問題。 DEPC是一種疑似致癌物質,因為它可能與嘌呤發(fā)生反應,因此需要謹慎使用。此外,如果瓶子在室溫中暴露于濕潤的空氣中,DEPC可能會水解,將會產(chǎn)生二氧化碳,這會增加潛在的危險。
時間和能源消耗。 DEPC和核酸酶之間的化學反應需要一定的時間,為了破壞DEPC,需要對溶液高壓滅菌。 而高壓滅菌需要消耗大量的水和電。
圖1 DEPC的水解引入雜質
引入可能影響實驗的雜質。 當DEPC在高壓滅菌時會水解產(chǎn)生乙醇和二氧化碳(圖1)。 乙醇可能與后續(xù)的實驗步驟中的雜質反應,有可能產(chǎn)生不需要的副產(chǎn)物。 此外,DEPC對腺苷有很強的親和力,即使只有痕量的DEPC保留在溶液中,它們也可能與腺苷核苷酸發(fā)生反應(印跡,PCR反應等)而導致實驗結果不準確,痕量DEPC也可能與胺基和硫醇反應。
核酸酶并非從水中直接除去,而是通過與DEPC的化學反應而失活。
是否存在可避免以上缺點的制備無核酸酶水的方法呢?經(jīng)過默克純水研究人員測試超濾可以作為制備無核酸酶水的替代方法,處理方法方便安全。這個過程使用中空纖維根據(jù)其孔徑分離污染物。一次性濾頭內(nèi)含標稱分子量(NMWL)13 000 Da的聚砜超濾纖維(圖2)。
圖2 Biopak®濾頭中用于超濾的聚砜中空纖維。
研究人員用超純水溶解核糖核酸酶A并分成三份:(1)用DEPC處理并高壓滅菌;(2)通過Biopak超濾終端進行處理;(3)未處理。 將rRNA加入到每個溶液中,孵育20分鐘,然后進行變性瓊脂糖凝膠電泳。
圖3 rRNA的凝膠電泳結果,所用的核糖核酸酶溶液分別是DEPC處理、超濾處理與未處理。
圖3電泳結果顯示當使用超濾過濾核糖核酸酶溶液時,rRNA保持了完整。同時,使用常規(guī)DEPC處理核糖核酸酶溶液也能防止rRNA降解。作為對照,當核糖核酸酶溶液未處理時,rRNA被降解。這表明了使用超濾去除核糖核酸酶與通過DEPC處理滅活效果相當。
許多分子生物學應用都需要無核酸酶的水。與耗時又麻煩的DEPC處理方法不同,通過水純化系統(tǒng)的超濾終端方式獲得無核酸酶的水,是一種安全又便捷的方法。這種方法對科研有很多好處:
按需,方便。當需要時,可以非常容易地生產(chǎn)新鮮純化的無核酸酶的水。沒有必要提前訂購瓶裝無核酸酶的水,或花時間制備DEPC水。
沒有風險。不需要化學品操作。另外,由于沒有添加化學物質到水中,所以沒有其他試劑干擾的風險。
高純度無核酸酶的水。超濾技術是從水中直接除去核酸酶而不是僅僅使他們滅活。因為過濾終端被設計成直接連接到水純化系統(tǒng)的出口,例如Milli-Q®,可以非常方便的獲得無核酸酶的超純水。