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如果PCR產(chǎn)物需要進(jìn)行后繼的克隆表達(dá)研究,需要進(jìn)行高保真度PCR以減少PCR過程中出錯(cuò)而造成的點(diǎn)突變,我們通常會(huì)選擇高保真DNA聚合酶。一般的高保真DNA聚合酶因?yàn)楸旧淼男r?yàn)功能注定了效率低,產(chǎn)量低,條帶弱,時(shí)間慢。的高保真酶Pfu的效率大概只有Taq酶的1//5。常有人感嘆“又貴又不好用(指產(chǎn)量低)”!為了提率,有些公司又推出了混合酶,將Taq與帶校驗(yàn)功能的DNA聚合酶混合,中庸的結(jié)果就是效率不如Taq酶,保真度不如Pfu,一般就比Taq高3倍,價(jià)格還不便宜。
Finnzymes公司獨(dú)辟蹊徑,將雙鏈DNA結(jié)合蛋白(紫色)與一種新型的具有校對功能的類熱球菌酶(綠色)融合,形成了一種*的高性能聚合酶——Phusion® DNA聚合酶。這下,兩個(gè)問題都解決了。
圖1. Phusion DNA聚合酶的*結(jié)構(gòu)
快人一步
由于這項(xiàng)*的融合技術(shù),Phusion DNA聚合酶合成DNA的速度和準(zhǔn)確度是以往任何單一酶都難以企及,即使是zui復(fù)雜的模板,也能準(zhǔn)確、快速地完成反應(yīng)。與其他酶相比,Phusion DNA聚合酶在每次與DNA的結(jié)合反應(yīng)中都能夠摻入更多的核苷酸,其高處理能力大大縮短了延伸步驟的時(shí)間,進(jìn)而加快了整個(gè)反應(yīng)的進(jìn)行。它的延伸速度是Pfu酶的10倍,比Taq酶還要快一倍,達(dá)到15-30秒/kb。如果你還想更快,可以選擇Phusion® Flash快速高保真聚合酶,每kb 堿基的延伸時(shí)間僅為15 秒或更少,反應(yīng)時(shí)間zui短,酶的用量顯著低于其他常見的聚合酶。Phusion DNA聚合酶的高速度和率使得它能在zui短時(shí)間內(nèi)獲得大量產(chǎn)物。
Finnzymes曾做過實(shí)驗(yàn),從Thermus sp.基因組文庫中隨機(jī)挑選16個(gè)克隆,并用3種不同的耐熱DNA聚合酶進(jìn)行擴(kuò)增。結(jié)果顯示,Phusion® DNA聚合酶具有強(qiáng)勁的性能和速度,它能夠成功擴(kuò)增出隨機(jī)挑選的16個(gè)片段中的15個(gè)(94%),并且產(chǎn)量很高。而Pfu DNA聚合酶的成功率僅為56%,Taq DNA聚合酶成功率也才62%,二者的產(chǎn)量明顯低于Phusion® DNA聚合酶。而且從圖中可以看出,Phusion® DNA聚合酶的延伸時(shí)間和酶用量均顯著低于Pfu酶,與Taq相當(dāng),但產(chǎn)量更高。如此強(qiáng)勁的性能,無出其右。
圖2. Phusion DNA 聚合酶集超高保真度、快速和強(qiáng)勁的性能于一體
節(jié)約時(shí)間,節(jié)約用量
由于其結(jié)構(gòu)*,Phusion DNA聚合酶的效率非常高。在PCR反應(yīng)中,該酶的用量顯著低于其他常見的聚合酶。研究人員曾使用3種不同的DNA聚合酶擴(kuò)增一個(gè)長為3.8kb的人β球蛋白基因。使用Phusion DNA聚合酶不但可成功擴(kuò)增出此3.8kb的基因組片段,且退火和延長步驟僅需1分鐘,明顯快于其他兩種聚合酶。一個(gè)單位的Phusion DNA聚合酶所獲得的產(chǎn)物高于5個(gè)單位的Pfu DNA聚合酶的產(chǎn)量,比2.5個(gè)單位改良的Pfu的產(chǎn)量也高得多。
圖3. 用更少的酶 —— 獲得更多的產(chǎn)物
適用性強(qiáng)
此外,Phusion DNA聚合酶能夠zui大限度地容忍各種PCR抑制劑,因此只需要很少的優(yōu)化步驟就可以進(jìn)行非常的擴(kuò)增。這個(gè)特點(diǎn)也催生了的直接PCR。對于血液、組織等多種樣品,甚至是FFPE樣品,無需提取DNA,即可直接開展高保真PCR擴(kuò)增。
Phusion DNA聚合酶有多個(gè)版本可供選擇。 除了上面提到的Phusion Flash,還有Phusion熱啟動(dòng)II高保真DNA聚合酶,其高度特異性和*聚合能力決定了它是熱啟動(dòng)PCR的理想選擇。幾種酶的特點(diǎn)和產(chǎn)品形式如下:
|
| Phusion 高保真DNA聚合酶 | Phusion 熱啟動(dòng)II高保真DNA聚合酶 | Phusion Flash | Phire 熱啟動(dòng)IIDNA聚合酶 |
酶的 | 平端或3’ A端 | 平端 | 平端 | 平端 | 平端 |
目標(biāo)片段長度 | ≤ 20 kb | ≤ 20 kb | ≤ 20 kb | ≤ 7.5 kb | |
熱啟動(dòng) | 否 | 是 | 是 | 是 | |
推薦延伸時(shí)間 | 15-30 s/kb | 15-30 s/kb | 15 s/kb | 10-15 s/kb | |
校正功能 | 是 | 是 | 是 | 一般 | |
保真度 vs. Taq | 52x | 52x | 25x | 2x | |
產(chǎn)品 | 單酶1 | √ | √ | - | √ |
Master Mix2 | √ | - | √ | - | |
試劑盒3 | √ | - | - | - |
價(jià)格便宜 選擇多樣
Phusion DNA聚合酶性能如此強(qiáng)勁,而價(jià)格卻相當(dāng)親民。以Phusion高保真PCR 試劑盒(含除模板引物外其他所需試劑)為例,目錄價(jià)只需555元即可進(jìn)行125次反應(yīng)(每次20μl ),單次反應(yīng)成本才4.44元,1878 元即可有500次反應(yīng),簡直太給力了!
Phusion DNA聚合酶(含酶,緩沖液,Mg離子,DMSO)只要879元/100U,足夠做100次50ul反應(yīng)。要知道PfuUltra目錄價(jià)100U的單酶(40次反應(yīng))也不止1900?。?br />
Phusion DNA聚合酶還提供其他多種選擇,熱啟動(dòng)的高保真單酶(1067元/100U),還有針對GC含量豐富模板,或者特別含HF緩沖液的預(yù)混合酶MasterMix系列產(chǎn)品。
更少出錯(cuò)
更重要的是,Phusion DNA聚合酶是目前市場上保真度zui高的熱穩(wěn)定性聚合酶。使用改良的lacI方法檢測,Phusion DNA聚合酶的錯(cuò)配率比Taq DNA聚合酶低約50倍, 比Pfu DNA聚合酶低6倍,是高保真PCR的理想選擇。對于研究基因功能,需要從事定點(diǎn)突變,基因克隆和表達(dá)分析等工作來說,Phusion DNA聚合酶無疑是更好的選擇。
Taq酶出錯(cuò)幾率較高,且平均擴(kuò)增長度不超過3.5kb。而Phusion DNA聚合酶則可擴(kuò)增10kb以上(<20kb)的超長片段,保真度高不容易出錯(cuò),再加上擴(kuò)增速度比普通高保真酶快得多,故使用Phusion DNA聚合酶可以有效節(jié)約很多時(shí)間。
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