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從組織中獲取DNA難嗎?不難,真不難。高一就有開設的從雞血中獲取DNA的生物實驗課,很簡單的幾步就可以得到DNA。但要想獲取高質量的DNA,尤其是從一些富含多糖、多酚、淀粉、纖維和蛋白的組織,后面用于酶切、高通量測序大片段文庫的構建,還是有一定的難度的。
zui近協(xié)助北京農業(yè)生物技術研究中心一個老師提取桃葉片DNA還是遇到了一些困難,因為老師要做桃的個體重測序,因此對DNA的要求還是非常高的。之前跟其他很多老師交流植物DNA的提取,大多數目前仍然使用CTAB法,有些老師購買試劑盒進行提取,其實很多植物DNA提取試劑盒成分也是CTAB。CTAB法是提取植物DNA非常經典方法,但在提取的過程中由于要在65℃水浴中放置1個小時,因此耗時較長。我們在使用該法提取桃DNA時,獲得DNA中含有大量的蛋白和多糖,雖然通過多次的苯酚氯仿抽提可以大部分去除,但DNA得率較低。在這里給大家分享一種快速獲取植物高質量DNA的方法,供大家在提取植物DNA時作為參考,用該法提取的植物DNA*后續(xù)酶切、BAC文庫構建、高通量測序大片段文庫構建,將該法稱之為月桂酸鈉法。
月桂酸鈉抽提緩沖液:
Tris-Hcl(pH8.0)100mmol/L;NaCl 100mmol/L;EDTA(pH8.0)20mmol/L;月桂酸鈉 1%;
配法:準確稱取NaCl 5.844g,月桂酸鈉 10g置于1000mL燒杯中,加入100ml Tris-Hcl(1M)以及40mLEDTA(0.5M)、800mlddH2O,用鹽酸調節(jié)pH至8.0,定容至1000 mL,滅菌后室溫保存。
月桂酸鈉英文名稱:sodium lauroyl sarcosine 分子式:C15H28NaO3N,分子量:293.39。
以該法大量獲取玉米葉片DNA為例的實驗流程:
(1)選取適量的玉米幼苗新鮮葉片,以紗布捆扎,做好標記,置于液氮中保存;
(2)研缽以液氮預冷,將玉米葉片置于研缽中,倒入液氮,迅速研磨至粉末級,期間時時加入液氮,防止研磨過程中DNA被降解;
(3)將研磨好的粉末移入滅菌后的50mL抽提試管中,用移液管加入10mL月桂酸鈉抽提緩沖液,反復緩慢的搖勻;
(4)用移液管向50mL抽提試管中加入等體積(10mL)酚:氯仿:異戊醇(25:24:1),反復緩慢的搖勻;
(5)12000 rpm,4°C離心20min后取出,小心吸取上清液16mL于新滅菌的50ml抽提試管中;
(6)向上述抽提試管中加入12mL異丙醇,上下緩慢顛倒數次,有白色絮狀沉淀析出,顛倒時注意往一個方向,防止沉淀散開,不利于后續(xù)實驗;
(7)將白色絮狀沉淀用槍頭從抽提試管中輕輕挑出,至于2mL EP管中;
(8)向上述2mL EP管中加入1.8mL70%乙醇,反復輕輕震蕩洗滌,4°C,12000 rpm,高速離心15min,棄上清,重復此步驟兩次;
(9)將得到的白色沉淀再次4°C,12000 rpm短暫離心數秒,以移液器吸干殘留乙醇;
(10)白色沉淀置于37°C干燥箱中,使殘存的70%乙醇全部揮發(fā)干凈,這個過程中要經常拿出觀察,防止過度烘干,不利于后面溶解;
(11)待白色沉淀變透明后,向2mLEP管中加入0.9mLTE緩沖液(pH8.0),放置于65℃恒溫箱中,期間輕微彈勻,使DNA充分溶解;
(12)DNA*溶解后,加入5μL RNase(0.1mg/mL),置于37°C干燥箱中30min,消化RNA,取出3μL,以1%瓊脂糖膠檢測是否有RNA殘留;
(13)待RNA消化完成后,向EP管中加入等體積(0.9mL)氯仿,輕輕搖勻;
(14)4°C,12000 rpm高速離心15min;
(15)吸取0.7mL上清置于1.5ml新EP管中,加入1/10體積(約0.07mL)NaAc(3M/L)溶液,輕輕搖勻;
(16)向上述EP管中加入等體積(0.7mL)異丙醇,輕輕搖勻后,于-20°C靜置20min;
(17)4°C,12000 rpm高速離心15min,棄上清;
(18)將得到的白色沉淀以70%乙醇洗滌兩次,去除殘留的乙醇;
(19)白色沉淀置于37°C干燥箱中,使殘存的70%乙醇全部揮發(fā)干凈,該過程中要經常拿出觀察,防止烘干過度,不利于后面溶解;
(20)待白色沉淀變透明,管中無殘留的乙醇味后,加入200μL TE(pH8.0),于37°C干燥箱中溶解;
(21)待DNA*溶解后,取出1μL,以分光光度計測定OD值,分裝后于保存(-20°C)。
以該法獲取的玉米葉片DNA電泳圖如下:
DNA提取過程中常見問題及建議解決方案:
來源:http://blog.sciencenet.cn/blog-657244-721856.html
DNA提取過程中常見問題及建議解決方案:
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