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不讓您寶貴的克隆留下“疤痕”!
提起傳統(tǒng)酶切連接克隆或載體構(gòu)建,什么讓大家苦不堪言?
小A:每次都要糾結(jié)于各種限制性內(nèi)切酶的選擇。
小B:操作步驟繁瑣,耗時(shí)長,至少需三四天才能完成。
小C:每次只能克隆1個目的片段。
小D:片段結(jié)合位置上有時(shí)會留下“疤痕”。
······
忘記苦難,今天小編給大家介紹一種新的克隆方法—一步法同源重組技術(shù),帶你們脫離苦惱!
一步法同源重組是一種利用同源重組的原理,進(jìn)行無縫克隆的技術(shù)。該技術(shù)無需考慮酶切位點(diǎn),幾乎適用于任何載體與任何片段的定向克隆。操作過程簡單快速,只需50℃,20min即可完成反應(yīng)。勁爆的是,多個片段也可以同時(shí)克隆哦!
激動寶寶小C:如此厲害,是如何做到呢?
【秘】一步法同源重組的關(guān)鍵在于重組酶。它由三種酶混合而成。分別是外切酶,DNA聚合酶和連接酶。
外切酶活性:該酶能沿著5’→3’方向,降解雙鏈DNA,從而產(chǎn)生黏性末端,這樣便于與另外的同源末端進(jìn)行配對結(jié)合(兩個同源序列通過外切酶的切割,能產(chǎn)生幾乎一致的黏性末端)。
DNA聚合酶活性:外切酶作用后,并不能保證將每一個片段的5’末端都降解成一樣長的黏性末端,同源末端退火配對后,極可能存在缺失的堿基。此時(shí)需要借助DNA聚合酶進(jìn)行修復(fù)缺口。
連接酶活性:催化形成磷酸二酯鍵,將所有缺口補(bǔ)齊,實(shí)現(xiàn)無“疤痕”拼接,即無縫克隆。
好奇寶寶小D:外切酶降解雙鏈DNA多長呢?是否會把雙鏈DNA切割成單鏈導(dǎo)致無法進(jìn)行片段重組呢?
莫擔(dān)心,自有妙招!的重組反應(yīng)溫度是50℃,遠(yuǎn)高于外切酶的zui適溫度(37℃),此外,外切酶的含量較低,故重組反應(yīng)體系中很快會失去外切酶活性。對于200bp以上的雙鏈DNA-片段都是*不用擔(dān)心的,當(dāng)然,幾十bp的小片段是不適合同源重組的。
心急寶寶小B:這么牛掰的,快給我們講講怎么操作吧。
步驟1:制備載體
需將線性化載體的制備好,既可以選擇酶切,也可以選擇PCR的方式制備線性化載體。
步驟2:設(shè)計(jì)目的片段引物
在目的片段上下游引物的5’端引入15-25bp左右載體末端同源序列。
步驟3:擴(kuò)增目的片段
通過PCR的方法,使目的片段的兩端加上了與載體末端相應(yīng)的同源序列。
步驟4:重組反應(yīng)
按比例混合線性化載體和目的片段,50℃反應(yīng)20 min。
步驟5:轉(zhuǎn)化,鑒定
將重組產(chǎn)物直接轉(zhuǎn)化后涂平板,挑取克隆進(jìn)行陽性鑒定。
機(jī)智寶寶小A:有啥應(yīng)用呢?
可以應(yīng)用于定點(diǎn)突變,CRISPR,構(gòu)建多順反子表達(dá)載體等等。
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