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          MaxUP II 建庫試劑盒

          2017-10-23  閱讀(627)

          分享:

          Hieff NGSTM MaxUP II DNA Library Prep Kit

          ——文庫轉化率高達60%,極其適用FFPE、cfDNA樣本

           

          DNA 文庫構建是NGS樣本制備的核心環(huán)節(jié)文庫質量直接影響測序數(shù)據(jù)質量——如mapping rate、coverage、complexity、bias。要想獲得好的文庫,必須選擇好的建庫試劑盒,而建庫試劑盒的關鍵,在于其文庫轉化率,即DNA雙端接頭連接效率,因為只有雙端連接成功的DNA,才能夠被有效擴增zui終成為測序模板。

          產(chǎn)品特點

          Hieff NGSTM MaxUP II DNA Library Prep Kit for Illumina®采用高質量的酶學組成,改進型接頭連接技術,以及具有強擴增效率的高保真酶顯著提高文庫轉化率與擴增效率,助理完成更好。

           

                             

           

           
            

          1. 文庫轉化效率高達60%

          文庫轉化率,即DNA樣本雙端接頭連接效率。只有雙端連接成功的DNA,才能夠被有效擴增zui終成為測序模板。

          1  Agilent  2100 檢測350bp平末端DNA單端和雙端連接產(chǎn)物峰。

           

          0350bpDNA峰、1:單端接頭連接產(chǎn)物峰、2:雙端接頭連接產(chǎn)物峰。測試基于各公司的標準 protocol進行。

          接頭連接效率百分比(%)。

           

          對圖1峰面積進行積分后的定量結果顯示Hieff NGS™ MaxUp II Kit 的雙端連接效率可達60%

          2. 不同GC樣本,擴增效率測試

          Hieff NGS™ MaxUp II Kit中使用具有強擴增效率的Super CanaceTM High-Fidelity Mix用于文庫擴增。以1 ng GC含量分別為38%、50%70%400 bp DNA為起始樣本,12 cycles擴增,Qubit檢測不同試劑盒所得產(chǎn)物濃度,Super Canace表現(xiàn)。

           

          1  擴增模塊效率比較。

           

          產(chǎn)品名稱

          GC 38% (ng)

          GC 50% (ng)

          GC 70% (ng)

          Super CanaceTM High-Fidelity Mix

          25.6

          18

          17.1

          K*-HiFi mix

          15.8

          16.7

          21.1

          3. FFPE、cfDNA樣本, 文庫產(chǎn)量測試

          Hieff NGS™ MaxUp II KitFFPEcfDNA為起始樣本建庫,相對同類型試劑盒品牌 K*,在相同擴增循環(huán)數(shù)下,獲得更多文庫產(chǎn)量。

           

          FFPE、cfDNA樣本文庫產(chǎn)量比較。

           

          樣本

          100 ng FFPE

          5 ng cfDNA

          7 cycles (ng)

          10 cycles (ng)

          9 cycles (ng)

          12 cycles (ng)

          MaxUP II

          400

          2000

          120

          1200

          K* 品牌

          150

          1100

          100

          1080

          注:FFPE樣本來自小鼠肺蠟塊,固定時間6個月;cfDNA樣本來源于血漿。

          4. 無偏好性的測序質量

          在不同GC含量樣本中,使用Hieff NGS™ MaxUP II Kit均能獲得堿基質量好且覆蓋度均一的測序數(shù)據(jù)。

           

          不同GC樣本測序數(shù)據(jù)

           

          樣本

          Mapped Reads (%)

          Coverage (%)

          Average

          5×

          10×

          15×

          20×

          蠟狀芽孢桿菌(GC 34%)

          93.8

          99.644

          99.643

          99.641

          99.639

          99.638

          大腸桿菌(GC 51%)

          92.7

          93.057

          92.782

          92.687

          92.625

          92.579

          嗜鹽桿菌(GC 65%)

          94.2

          99.598

          99.028

          98.391

          97.885

          97.419

           

                             蠟狀芽孢桿菌(GC 34%          大腸桿菌(GC 51%             嗜鹽桿菌(GC 65%

               

           

          不同GC含量樣本測序偏好性圖譜。

          5. 2.5小時內

          表現(xiàn)如此,使用起來也非常方便哦!

             

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          Hieff NGSTM MaxUP II DNA Library Prep Kit for Illumina®

          12200ES08/24/96

          8/24/96libraries

          2456/6486/23567

           

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          建庫接頭

          Hieff NGSTM Complete Adapter Kit for Illumina®, Set 1

          12615ES04/16

          12×4/12×16 T

          1256/4536

          Hieff NGSTM Complete Adapter Kit for Illumina®, Set 2

          12616ES04/16

          12×4/12×16 T

          1256/4536

          分選與純化磁珠

          Hieff NGSTM DNA Selection BeadsSuperior Ampure XP alternative

          12601ES03/08/56/75

          1/5/60/450 mL

          296/986/6286/26186

          Hieff NGSTM Smarter DNA Clean Beads

          12600ES03/08/56/75

          1/5/60/450 mL

          386/1386/7586/29886

          Hieff NGSTM cfDNA Clean Beads

          12599ES03/08/56

          1/5/60 mL

          466/1666/9106

          文庫定量

          Hieff NGSTM Library Quantification Kit for Illumina®, qPCR Master Mix

          12302ES05

          500 T

          1526

          Hieff NGSTM Library Quantification Kit for Illumina®, DNA Standard (1-6)

          12307ES09

          6×96 μL

          2126

          Picogreen dsDNA Assay Kit

          10225ES84

          2000 T

          4238

           

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