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          費(fèi)氏弧菌發(fā)光桿菌鑒定遇到的問題

          閱讀:1070      發(fā)布時(shí)間:2017-8-22
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          1.費(fèi)氏弧菌發(fā)光桿菌鑒定的方法和步驟是什么?

          菌種鑒定一般就只要提取基因組DNA,然后PCR擴(kuò)增16srDNA上GeneBank或者Eztaxon對(duì)比即可。一般序列相似度在97%以上就可以認(rèn)為是同種細(xì)菌(當(dāng)然也有例外,DNA序列僅僅是一個(gè)參考指標(biāo))。

          2. 微生物的菌種鑒定可以鑒定到“株”一級(jí)嗎?

          如果你的菌株是自然界中分離得到,就只能鑒定到種,不能鑒定到株,因?yàn)槎喽嗌偕俸推渌晗档募?xì)菌有區(qū)別,即便你做了一些特征的鑒定,發(fā)現(xiàn)和某一株細(xì)菌一模一樣,你也沒有理由說你的細(xì)菌就是那一株細(xì)菌,因?yàn)槟悴豢赡馨阉械奶卣鞫甲鐾?,株和株之間的關(guān)系就相當(dāng)于不同的人之間的關(guān)系,世界上不可能有*相同的兩個(gè)人。除非你知道你的細(xì)菌本來就是某一株細(xì)菌擴(kuò)增出來的(而且要保證沒有變異,否則就是一個(gè)新株),可是這樣就沒必要鑒定了。

          3.為什么鑒定出來的菌種跟我想象的相差太大?

          答:我們菌種鑒定使用PCR直接擴(kuò)增的方法,即以客戶提供的菌株為模版直接進(jìn)行PCR擴(kuò)增,中間不經(jīng)過傳代培養(yǎng),因此不會(huì)引入新的污染,如果出現(xiàn)結(jié)果不一致的情況,一般有以下原因?qū)е拢?/p>

               1、您提供的樣品未經(jīng)過三次分離純化,含有其他雜菌;

               2、您提供樣品的情況確認(rèn)如此。

          建議您提供三次純化的菌株重新進(jìn)行鑒定。

          4.為什么有時(shí)會(huì)出現(xiàn)PCR擴(kuò)增不出的現(xiàn)象;

          答:擴(kuò)增不出的原因主要有以下幾種:

               1、您提供的菌種從嚴(yán)格意義上講不是細(xì)菌或者真菌,或者是信息有誤;

               2、您提供的菌種為革蘭氏陽性菌,由于細(xì)胞壁較厚,采用常規(guī)方法不能有效地破壁;

               3、培養(yǎng)基或菌體中表達(dá)產(chǎn)物含有抑制PCR產(chǎn)物的組份。對(duì)于第二種或第三種情況需要提供基因組DNA。

               5.PCR擴(kuò)增直接測序?yàn)槭裁磿?huì)出現(xiàn)套峰的現(xiàn)象;

          答:1、測序結(jié)果個(gè)別堿基出現(xiàn)N,是由細(xì)菌rDNA多態(tài)性造成,對(duì)菌種鑒定沒有無影響;

               2、所有測序反應(yīng)均出現(xiàn)大面積套峰,是由于您提供的樣品模版不純?cè)斐傻摹?/p>

          費(fèi)氏弧菌發(fā)光桿菌這種情況需要重新純化菌種。

          6.PCR產(chǎn)物克隆測序?yàn)槭裁磿?huì)出現(xiàn)結(jié)果分離的現(xiàn)象?

          答:我們以菌種為模版直接進(jìn)行PCR擴(kuò)增,然后對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行克隆測序,如果出現(xiàn)2種或以上的測序結(jié)果,說明您提供的模版不單一,即菌種不純,含有其他雜菌,這種情況建議您將菌種重新進(jìn)行三次以上純化。

          7.菌種鑒定可以鑒定到種嗎?

          答:利用rRNA的保守區(qū)域進(jìn)行鑒定只是菌種鑒定的一個(gè)分子生物學(xué)指標(biāo),通過鑒定結(jié)果可以了解未知菌株和NCBI公布序列的哪個(gè)種屬比較接近。如果費(fèi)氏弧菌發(fā)光桿菌鑒定至種,還需要DNA雜交、基因組GC含量、生理生化指標(biāo)等來綜合判斷。
          YSRIBIO245    Scopoletin    東莨菪內(nèi)酯標(biāo)準(zhǔn)品    92-61-5     20mg    
          YSRIBIO246    Scopolamine Hydrobromide     氫溴酸東莨菪堿標(biāo)準(zhǔn)品    6533-68-2     250mg    
          YSRIBIO247    Saquinavir Related Compound A    沙奎拉韋相關(guān)物質(zhì)A標(biāo)準(zhǔn)品        25mg    
          YSRIBIO248    Saquinavir Mesylate     甲磺酸沙奎拉韋標(biāo)準(zhǔn)品    149845-06-7     200mg    
          YSRIBIO249    Salsalate     雙水楊酸酯標(biāo)準(zhǔn)品    552-94-3     150mg    
          YSRIBIO250    Salmeterol Xinafoate     昔美酸沙美特羅標(biāo)準(zhǔn)品    94749-08-3     150mg    
          費(fèi)氏弧菌發(fā)光桿菌

           

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