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（1）微生物菌種常規(guī)鑒定 常規(guī)鑒定內(nèi)容有形態(tài)特征和生理生化特征。形態(tài)特征包括顯微形態(tài)和培養(yǎng)特征；理化特性包括營養(yǎng)類型、碳氮源利用能力、各種代謝反應(yīng)、酶反應(yīng)等。
（2）分子生物學(xué)鑒定 應(yīng)用分子生物學(xué)方法從遺傳進(jìn)化角度闡明微生物種群之間的分類學(xué)關(guān)系，是目前微生物分類學(xué)研究普遍采用的鑒定方法。CICC擁有微生物菌種分類鑒定的分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室，配有PCR儀、高速冷凍離心機(jī)、電泳儀、HPLC、凝膠成像系統(tǒng)、紫外控溫分析系統(tǒng)等先進(jìn)儀器設(shè)備，以及DNAMAN、BIOEDIT、CLUSTALX、TREEVIEW等序列分析軟件。微生物菌種目前CICC可采用核酸序列分析法分析細(xì)菌16S rDNA/16S-23S rDNA區(qū)間序列、酵母18S rDNA/26S rDNA（D1/D2）序列及絲狀真菌的18S rDNA/ ITS1-5.8S-ITS2序列，提供科學(xué)的鑒定結(jié)果。
（3）功能性分析及功能基因 經(jīng)單位不斷致力于工業(yè)微生物資源的功能及其功能基因研究，目前通過木聚糖酶、纖維素酶、葡萄糖異構(gòu)酶、β-甘露聚糖酶等功能基因的克隆進(jìn)行菌種產(chǎn)酶的功能性分析。應(yīng)用gyrA、atpD及pheS等看家基因于微生物菌種鑒定，在某些種、亞種、株間有較好的分辨效果。
（4）API細(xì)菌數(shù)值鑒定系統(tǒng) API鑒定系統(tǒng)涵蓋15個(gè)鑒定系列，約有1000種生化反應(yīng)，目前已可鑒定超過600種的細(xì)菌。鑒定過程中，可根據(jù)細(xì)菌所屬類群選擇適當(dāng)?shù)纳砩b定系列，微生物菌種通過軟件將待測(cè)細(xì)菌與數(shù)據(jù)庫參比，得出鑒定結(jié)果。