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實(shí)時熒光定量 PCR (RT-qPCR) 實(shí)驗(yàn)步驟
閱讀：311 發(fā)布時間：2024-9-29實(shí)時熒光定量 PCR (RT-qPCR) 是一種用于實(shí)時擴(kuò)增和檢測特定 DNA 或 RNA 序列的分子生物學(xué)技術(shù)。該方法利用熒光染料或探針，當(dāng)與擴(kuò)增的 DNA 或 RNA 分子結(jié)合時會發(fā)出信號，從而可以對目標(biāo)序列進(jìn)行量化。RT-qPCR 通常用于基因表達(dá)分析、病毒載量定量和基因突變檢測等應(yīng)用。
RT-qPCR原理的三個主要步驟：
1 反轉(zhuǎn)錄：
使用逆轉(zhuǎn)錄酶和特定引物將RNA樣品反轉(zhuǎn)錄成cDNA。
該步驟將RNA模板轉(zhuǎn)化為更穩(wěn)定且可擴(kuò)增的DNA形式。
反轉(zhuǎn)錄過程中使用特定引物。
2 PCR擴(kuò)增：
使用特定引物對cDNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增，這些引物環(huán)繞目標(biāo)區(qū)域。
PCR是一個循環(huán)過程，呈指數(shù)級擴(kuò)增DNA模板的數(shù)量。
PCR反應(yīng)中包含熒光染料或探針，它們結(jié)合到擴(kuò)增的DNA序列上并發(fā)出熒光信號。
3 熒光實(shí)時檢測：
使用實(shí)時PCR儀器實(shí)時監(jiān)測熒光信號。
熒光的數(shù)量與每個PCR循環(huán)中擴(kuò)增的DNA數(shù)量成比例。
使用專業(yè)軟件分析數(shù)據(jù)以確定循環(huán)閾值（Ct）值，該值表示熒光信號達(dá)到特定閾值水平所需的循環(huán)數(shù)。Ct值用于計算原始樣品中存在的目標(biāo)DNA量，從而允許進(jìn)行基因表達(dá)或病毒載量等定量分析。
實(shí)驗(yàn)步驟：
1、RNA提取：RNA的提取是參照全式金生物的Transzol up提取試劑盒完成的。
A、離心機(jī)4℃預(yù)冷，準(zhǔn)備試劑：氯仿、異內(nèi)醇、75%乙醇（用DEPC水配制）、無RNase的水或DEPC水、無酶吸頭及試管，戴口罩、帽子、無粉乳膠手套；
B、取出轉(zhuǎn)染建模成功24h后的細(xì)胞，吸棄培養(yǎng)液，用1×PBS清洗1次；
C、每10cm2生長的細(xì)胞加入1mL的Transzol Up, 放置片刻后使用移液槍吹打細(xì)胞使其全脫落；
D、用移液槍反復(fù)吹吸裂解液直至無明顯沉淀，將裂解液全部轉(zhuǎn)移至標(biāo)記好的1.5mL EP管中，室溫靜置5min；
E、往每個EP管中加0.2mL氯仿（Transzol Up體積的1/5），混勻振蕩30s，室溫靜置3min；
F、4℃條件下10000g離心15min，離心后RNA主要分布在上層水相中，體積約50%；
G、轉(zhuǎn)移上層水相于新的EP管中（約400μL，注意不要吸取到下層），每管加入0.5mL異丙醇 （Transzol Up體積的1/2），顛倒混勻，室溫孵育10min；
H、4℃下10000g離心10min后在管側(cè)和管底形成膠狀沉淀，吸棄上清，加1mL 75%乙醇吹懸沉淀；
I、4℃下7500g離心5min后棄上清，盡量吸凈，室溫晾干沉淀5min，依細(xì)胞量加入30~100μL的RNA溶解液；
K、55℃~60℃金屬浴10min，-80℃冰箱保存?zhèn)溆谩?/p>
2、cDNA合成：見上文
3、qPCR：按表2.6，在ABI熒光定量PCR儀專用96孔板中建立qPCR反應(yīng)體系，反應(yīng)程序?yàn)閮刹椒ǎū?.11）
4、RT-qPCR統(tǒng)計：每個基因在不同組別中的表達(dá)在獲得3個重復(fù)的Ct值后，從ABI系統(tǒng)中拷貝原始數(shù)據(jù)，挑出“Ct SD"值大于0.5的組別（需重新實(shí)驗(yàn)），求出各個組的管家基因GAPDH的均值（一般相差1個Ct值以內(nèi)），再依次求出實(shí)驗(yàn)組和對照組與各自的GAPDH之間的Ct差值，即得到第一個ΔCt，隨后求出實(shí)驗(yàn)組ΔCt和對照組ΔCt的差值，即可得到第二個ΔCt（ΔΔCt），最后使用2 -ΔΔCt法求出實(shí)驗(yàn)組相對于對照組的Ct值變化倍數(shù)（實(shí)驗(yàn)組2 -ΔΔCt/對照組2 -ΔΔCt=實(shí)驗(yàn)組2 -ΔΔCt/2 0=實(shí)驗(yàn)組2 -ΔΔCt）。將3組實(shí)驗(yàn)組數(shù)據(jù)導(dǎo)入Graphpad 9.0，輸入對照組數(shù)據(jù)為1，使用Student's t或ANOVA進(jìn)行假設(shè)檢驗(yàn)，p<0.05被認(rèn)為有統(tǒng)計學(xué)差異。