詳細(xì)介紹
本試劑盒采用的裂解液,可快速可靠的從細(xì)胞、動(dòng)物組織、植物組織、病毒液樣本、抗凝全血、培養(yǎng)細(xì)菌中純化出高純度的總 RNA。該試劑盒是目前國(guó)際上操作步驟最少、用時(shí)最短的 RNA 提取試劑盒(最快 5 分鐘)。應(yīng)用本試劑盒提取的 RNA 可直接用于反轉(zhuǎn)錄、基因克隆、定量檢測(cè)、文庫(kù)構(gòu)建、雜交等多種分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)。
商品屬性:
產(chǎn)品名稱 | 規(guī)格 | 貨號(hào) |
5min極速RNA提取試劑盒 | 50T | A-PJ1070 |
注意事項(xiàng):
(1) 本試劑盒中的 Washing Buffer 中已經(jīng)加乙醇,無需單獨(dú)添加。
(2) RNA LB1 和 RNA BB2 均具有腐蝕性,注意防護(hù)。操作方法
(1)裂解/上柱(1.5ml EP 管中處理)培養(yǎng)細(xì)胞:消化完畢后,離心收集細(xì)胞沉淀,用 20~30μl 水或PBS 重懸細(xì)胞沉淀(務(wù)必重懸充分)。加入 120μl RNA LB1 漩渦混勻 30s(有未溶解的細(xì)胞團(tuán)塊,用槍頭吹打,助溶解),加入 500μlRNA BB2 上下顛倒混合均勻,倒入吸附柱中。13000rpm 離心 30s,倒掉廢液,進(jìn)行后續(xù)洗滌/洗脫步驟。
組織樣品----采用研缽進(jìn)行研磨:用液氮研磨粉碎組織樣本,將研磨粉碎的樣品加入到 200μl RNA LB1 中,漩渦混合均勻 1min(有塊狀組織未溶解的,要使用槍頭吹打,助消化),加入 500μl RNABB2 上下顛倒混合均勻,13000rpm 離心 15s。將上清倒入吸附柱中(動(dòng)作需輕柔,勿將未消化的組織塊倒入吸附柱),13000rpm 離心 30s,倒掉廢液,進(jìn)行后續(xù)洗滌/洗脫步驟。
組織樣品----采用鋼珠進(jìn)行研磨:將組織樣品加入到 300μl RNALB1 中(1.5ml EP 管),并加入幾粒鋼珠,置于組織研磨儀中,研磨 1~2min。向研磨后的勻漿液中加入 750μl RNA BB2,漩渦混勻5s,13000rpm 離心 1min。用 1ml 吸頭吸取 750μl 上清液到吸附柱中。13000rpm 離心 30s,倒掉廢液,進(jìn)行后續(xù)洗滌/洗脫步驟。注意:植物組織的勻漿效果通常較動(dòng)物組織差一些,所以一般推薦采用液氮條件下研缽來研磨。在采用鋼珠研磨的條件下務(wù)必將組織研磨粉碎,否則會(huì)導(dǎo)致產(chǎn)率降低。病毒液 /體液 /血清 /血漿:吸取 150μl 病毒液/體液樣品到加入到120μl RNA LB1 中,漩渦混合均勻 30s。直接加入 500μl RNA BB2中,漩渦混合均勻 15s。倒入吸附柱中,13000rpm 離心 30s,倒掉廢液,進(jìn)行后續(xù)洗滌/洗脫步驟。
培養(yǎng)細(xì)菌:收集菌體后,用 20~30μl 水重懸菌體(務(wù)必重懸充分),加入 120μl RNA LB1 漩渦混勻 30s,加入 500μl RNA BB2 上下顛倒混合均勻,倒入吸附柱中。13000rpm 離心 30s,倒掉廢液,進(jìn)行后續(xù)洗滌/洗脫步驟。
(2) 洗滌和洗脫
向吸附柱中加入 500μl Washing Buffer,13000rpm 離心 15s。重復(fù)此步驟一次。 將吸附柱重新放回離心機(jī),13000rpm 空離心1min,將殘留的乙醇甩干。 將吸附柱芯放入到 2mL NucleaseFree 收集管中,向吸附柱芯中加入 20~50μl Nuclease Free H2O,室溫放置 1min,13,000rpm 離心 1min,洗脫液即為提取的 RNA,冷凍保存。
PCR基本步驟及注意事項(xiàng)?
一、實(shí)驗(yàn)原理
PCR是體外人工選擇性擴(kuò)增DNA的一種方法,它類似于生物體內(nèi)DNA的復(fù)制。在生物體內(nèi)DNA復(fù)制需要模板、引物、DNA聚合酶、DNA解旋酶、 dNTPs;而體外PCR反應(yīng)同樣需要類似的成分,有模板、引物、PCR Buffer、Taq酶、dNTPs。其中引物是人工設(shè)計(jì)的特定序列,實(shí)現(xiàn)對(duì)特定位置的擴(kuò)增;PCR Buffer提供一個(gè)反應(yīng)的緩沖環(huán)境;反應(yīng)過程同生物體內(nèi)一樣,DNA雙鏈打開,引物結(jié)合模板,延伸形成新鏈。而這些過程在生物體內(nèi)靠DNA解旋酶解鏈,而在體外在通過控制反應(yīng)溫度實(shí)現(xiàn)的。如常用94℃變性模板DNA打開雙鏈,在退火溫度處引物結(jié)合到模板上,最后在72℃完成延伸,并反復(fù)重復(fù)此過程即可實(shí)現(xiàn)對(duì)特定片段DNA的大量擴(kuò)增。到第三循環(huán)開始才產(chǎn)生出和靶DNA區(qū)段相同的DNA分子,進(jìn)一步循環(huán)地產(chǎn)生出靶DNA區(qū)段的指數(shù)加倍。
在擴(kuò)增后期,由于產(chǎn)物積累,使原來呈指數(shù)擴(kuò)增的反應(yīng)變成平坦的曲線,產(chǎn)物不再隨循環(huán)數(shù)而明顯上升,這稱為平臺(tái)效應(yīng)。平臺(tái)期(Plateau)會(huì)使原先由于錯(cuò)配而產(chǎn)生的低濃度非特異性產(chǎn)物繼續(xù)大量擴(kuò)增,達(dá)到較高水平。因此,應(yīng)適當(dāng)調(diào)節(jié)循環(huán)次數(shù),在平臺(tái)期前結(jié)束反應(yīng), 減少非特異性產(chǎn)物。到達(dá)平臺(tái)期(Plateau)所需循環(huán)次數(shù)取決于樣品中模板的拷貝。
二、主要的成分
1.模板可以是多種形式,主要包括基因組DNA、質(zhì)粒DNA、攜帶病毒的基因組DNA、PCR產(chǎn)物,cDNA等,但不能為RNA。對(duì)于不同類型的模板,其主要不同在于預(yù)變性的時(shí)間以及模板的量。一般對(duì)于大的基因組DNA預(yù)變性時(shí)間10min足夠,質(zhì)粒DNA2min、攜帶病毒的基因組DNA預(yù)變性2min、PCR產(chǎn)物預(yù)變性2min即可。
注意cDNA為單鏈DNA,但仍可做PCR的模板,只不過在第一輪循環(huán)時(shí)只有一個(gè)引物結(jié)合,合成另一條鏈。從第二輪開始,兩個(gè)引物均與特異位點(diǎn)結(jié)合,從而實(shí)現(xiàn)了與常規(guī)PCR的接軌。而同作為單鏈的RNA卻不能進(jìn)行PCR擴(kuò)增,原因就在于實(shí)現(xiàn)PCR反應(yīng)的是DNA聚合酶,只能特意識(shí)別DNA鏈。
2.對(duì)于模版的量來說,一般25ul體系DNA的質(zhì)量為50—100ng。對(duì)于基因組DNA由于其結(jié)構(gòu)比較復(fù)雜,提取的濃度也往往比較大,為防止?jié)舛冗^大對(duì)PCR造成影響,故需對(duì)提取的DNA進(jìn)行梯度稀釋。否則濃度過高則可能會(huì)引起非特異性擴(kuò)增。對(duì)于質(zhì)粒及PCR產(chǎn)物由于其結(jié)構(gòu)簡(jiǎn)單,且提取濃度一般較低,則無需稀釋。
PCR實(shí)驗(yàn)中應(yīng)該注意的問題有哪些?
沒有ct值
檢測(cè)結(jié)果遇到?jīng)]有Ct值情況,排查是否有以下問題:
1、循環(huán)數(shù)不夠(一般不超過45循環(huán),不僅背景值提高,定量也不準(zhǔn));
2、PCR程序設(shè)置錯(cuò)誤,檢測(cè)熒光信號(hào)的步驟有誤。一般SG法采用72℃延伸時(shí)采集,TaqMan法則一般在退火結(jié)束時(shí)或延伸時(shí)采集信號(hào),另外熒光采集是否選中;
3、引物或探針降解??赏ㄟ^PAGE電泳檢測(cè)引物和探針是否降解;
4、模板量可能降解或上樣量不足(不超過500ng,根據(jù)試劑盒說明書即可), 對(duì)未知濃度的樣本應(yīng)從系列稀釋樣本的最高濃度做起;如果發(fā)生模板降解,應(yīng)考慮樣本準(zhǔn)備中雜質(zhì)的引入及反復(fù)凍融的情況,建議將模板樣本小量分裝儲(chǔ)備,避免反復(fù)凍融;
5、引物探針是否合適(尤其是引物跨越內(nèi)含子,以確保擴(kuò)增基因組DNA;上下游引物Tm值超過4℃以上也會(huì)影響擴(kuò)增)。
ct值過晚
在相對(duì)定量中, Ct值一般控制在15—25之間比較好,如果在絕對(duì)定量中, 對(duì)低拷貝數(shù)的樣品,Ct值會(huì)增大, 但是一般不宜超過40循環(huán), 否則定量不準(zhǔn)確。
因此,判斷Ct值出現(xiàn)過晚是否屬于非正常情況, 需要根據(jù)具體實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)和目的進(jìn)行。
1、擴(kuò)增效率低。引物之間或者引物和探針的比例不合適, 需要進(jìn)行優(yōu)化;引物或探針設(shè)計(jì)不合理, 需要重新設(shè)計(jì);
2、PCR程序不合適, 改用三步法進(jìn)行反應(yīng), 或者優(yōu)化退火/延伸溫度, 可以適當(dāng)降低退火溫度; 退火/延伸時(shí)間短(可以在推薦的時(shí)間條件下延長(zhǎng)10s);
3、MgCl2濃度不合適,增加鎂離子濃度等。PCR各種反應(yīng)成分的降解或加樣量的不足;
4、PCR產(chǎn)物太長(zhǎng)。PCR產(chǎn)物設(shè)計(jì)超過500bp;
5、模板中存在抑制物。用高純度模板進(jìn)行PCR檢測(cè)或?qū)⒛0暹M(jìn)行稀釋。
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