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應(yīng)用簡介
DNA甲基化是基因表達調(diào)控的一種重要機制,DNA甲基化檢測是指利用各種方法對腫瘤細胞DNA甲基化程度進行測定。在惡性腫瘤的發(fā)展中,甲基化的狀態(tài)并不是一成不變,腫瘤細胞內(nèi)全基因組的低甲基化程度與疾病進展、腫瘤大小和惡性程度都有密切的關(guān)系,DNA甲基化檢測對腫瘤惡性程度的判斷有重要意義。
技術(shù)原理
DNA甲基化是基因表達調(diào)控的一種重要機制,DNA甲基化檢測是指利用各種方法對腫瘤細胞DNA甲基化程度進行測定。在惡性腫瘤的發(fā)展中,甲基化的狀態(tài)并不是一成不變,腫瘤細胞內(nèi)全基因組的低甲基化程度與疾病進展、腫瘤大小和惡性程度都有密切的關(guān)系,DNA甲基化檢測對腫瘤惡性程度的判斷有重要意義。
甲基化特異性的PCR(Methylation-specificPCR,MSP)
Herman等(1996)在使用重亞硫酸鹽處理的基礎(chǔ)上新建的一種方法。該方法敏感性高,主要用于作定性研究。用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA,所有未發(fā)生甲基化的胞嘧啶被轉(zhuǎn)化為尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶不變;隨后設(shè)計針對甲基化和非甲基化序列的引物進行PCR。通過電泳檢測MSP擴增產(chǎn)物,如果用針對處理后甲基化DNA鏈的引物能得到擴增片段,則說明該位點存在甲基化;反之,說明被檢測的位點不存在甲基化。
特點:適用范圍廣,能夠檢測特異位點是否發(fā)生甲基化。
亞硫酸氫鹽測序法(BisulfitesequencingPCR,BSP)
亞硫酸氫鹽修飾后測序法(BSP)Frommer等(1992)提出的研究DNA甲基化方法,此方法可靠性及精確度高,能明確目的片段中每一個CpG位點的甲基化狀態(tài)。用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA,所有未發(fā)生甲基化的胞嘧啶被轉(zhuǎn)化為尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶不變。隨后設(shè)計BSP引物進行PCR,在擴增過程中尿嘧啶全部轉(zhuǎn)化為胸腺嘧啶,最后對PCR產(chǎn)物進行測序就可以判斷CpG位點是否發(fā)生甲基化,稱為BSP-直接測序法。將PCR產(chǎn)物克隆至載體后進行測序,可以提高測序成功率,這種方法稱為BSP-克隆測序法。
特點:精確度高,能夠準確檢測出甲基化的程度百分比。
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