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          無細(xì)胞蛋白表達(dá):突破傳統(tǒng)瓶頸的新興技術(shù)

          閱讀:222      發(fā)布時(shí)間:2024-6-20
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          蛋白質(zhì)是生命體最重要的分子之一,具有極其廣泛的功能和作用。傳統(tǒng)上,研究者可以利用細(xì)胞表達(dá)體系來制備需要的蛋白質(zhì),并對其進(jìn)行深入的研究。然而,受限于細(xì)胞生長、維護(hù)、污染等因素,細(xì)胞表達(dá)體系面臨著一些瓶頸和挑戰(zhàn),特別是在高通量生產(chǎn)和定制蛋白質(zhì)方面更是如此。

           為了突破這些限制以及為高效蛋白質(zhì)制備和研究提供更多選擇,無細(xì)胞蛋白表達(dá)技術(shù)應(yīng)運(yùn)而生。它作為一種基礎(chǔ)研究工具已經(jīng)在生命科學(xué)中使用了五十多年,最近的技術(shù)發(fā)展促進(jìn)了無細(xì)胞蛋白表達(dá)的高產(chǎn)。與傳統(tǒng)的細(xì)胞表達(dá)體系不同,無細(xì)胞表達(dá)體系可以在體外條件下完成蛋白質(zhì)的合成,并且具有高效、便捷、靈活以及高純度等優(yōu)點(diǎn)。隨著技術(shù)的發(fā)展無細(xì)胞蛋白表達(dá)技術(shù)正在成為生物醫(yī)藥和基礎(chǔ)研究領(lǐng)域中備受關(guān)注的新興技術(shù)之一。




          無細(xì)胞蛋白表達(dá):突破傳統(tǒng)瓶頸的新興技術(shù)

          圖1:無細(xì)胞蛋白表達(dá)系統(tǒng)的發(fā)展


          今天,小編將從無細(xì)胞蛋白表達(dá)的概念、技術(shù)原理、關(guān)鍵技術(shù)細(xì)節(jié)等方面探討這一引人注目的技術(shù)。


          概述


          無細(xì)胞蛋白表達(dá)是一種體外重組蛋白質(zhì)表達(dá)技術(shù)也稱為無細(xì)胞蛋白質(zhì)合成技術(shù)(CFPS:Cell-free protein synthesis),是指用含有蛋白合成必需的組分(核糖體,轉(zhuǎn)運(yùn)RNA,氨酰合成酶,啟動(dòng)/延伸/終止因子,三磷酸鳥苷,ATP,Mg2+和K+)的細(xì)胞裂解物在體外進(jìn)行蛋白合成。

          無細(xì)胞蛋白表達(dá)技術(shù)適用于制備各種類型的蛋白質(zhì),包括難表達(dá)蛋白質(zhì)、毒性蛋白質(zhì)、復(fù)雜蛋白質(zhì)等。在藥物研究、生物制造和生命科學(xué)等領(lǐng)域中得到廣泛關(guān)注和應(yīng)用,無論是研究、開發(fā)還是商業(yè)化應(yīng)用過程。目前無細(xì)胞蛋白表達(dá)主要應(yīng)用于藥物研發(fā)領(lǐng)域,例如抗體制備和生物藥物生產(chǎn)等。隨著人工智能技術(shù)的不斷發(fā)展,無細(xì)胞蛋白表達(dá)技術(shù)可以與人工智能算法結(jié)合,構(gòu)建計(jì)算機(jī)輔助的高通量生產(chǎn)系統(tǒng),實(shí)現(xiàn)個(gè)性化、精準(zhǔn)的生物醫(yī)學(xué)治療。除此之外,還能夠應(yīng)用于其他領(lǐng)域,例如基因工程、環(huán)境保護(hù)和農(nóng)業(yè)生產(chǎn)等。隨著無細(xì)胞蛋白表達(dá)技術(shù)的不斷發(fā)展和人工智能技術(shù)的不斷進(jìn)步,我們可以看到更多的新領(lǐng)域和新應(yīng)用出現(xiàn),給生物科技行業(yè)帶來更多的機(jī)遇和挑戰(zhàn)。

          無細(xì)胞蛋白表達(dá):突破傳統(tǒng)瓶頸的新興技術(shù)


          圖2:典型無細(xì)胞蛋白表達(dá)的工作流程


          技術(shù)原理



          CFPS系統(tǒng)使用微生物、植物或動(dòng)物的粗細(xì)胞裂解物中的成分來合成蛋白質(zhì)。常用的粗提取物是大腸桿菌、兔網(wǎng)織紅細(xì)胞、小麥胚芽(WGE)、昆蟲細(xì)胞或市售的純化重組元件系統(tǒng)(PURE)。CFPS系統(tǒng)的制備是一個(gè)簡單的過程,其中目的細(xì)胞過夜生長,稀釋,并進(jìn)一步生長,直到光密度達(dá)到0.8至1.0,之后收獲細(xì)胞并超聲處理以提取細(xì)胞裂解物。然后將添加了必要輔因子、能量源、核苷酸、底物、氨基酸和tRNA的緩沖混合物添加到細(xì)胞提取物中,將其轉(zhuǎn)化為CFPS和無細(xì)胞轉(zhuǎn)錄-翻譯(TX–TL)系統(tǒng)。

          CFPS系統(tǒng)的一般方案如圖3所示,該實(shí)驗(yàn)使用含有必要細(xì)胞裂解物和DNA(線性或質(zhì)粒)的緩沖液,以及相關(guān)的能量源、核苷酸、氨基酸、鹽和輔因子,共同維持反應(yīng)以合成感興趣的產(chǎn)物。CFPS的合成產(chǎn)物可能因多種化學(xué)或生物部分而異,包括病毒、治療劑、抗體、化學(xué)品、生物燃料和蛋白質(zhì)。在合成此類產(chǎn)物時(shí),CFPS系統(tǒng)相對于體內(nèi)系統(tǒng)具有直接優(yōu)勢,特別是考慮到該技術(shù)的相對速度、簡單性和有效性。通常,體內(nèi)系統(tǒng)是耗時(shí)的,并且往往比CFPS系統(tǒng)有更多的步驟。

          無細(xì)胞蛋白表達(dá):突破傳統(tǒng)瓶頸的新興技術(shù)

          圖3:在單管中進(jìn)行的CFPS系統(tǒng)的示意圖


          技術(shù)細(xì)節(jié)


          1

          反應(yīng)體系

          反應(yīng)體系的搭建是無細(xì)胞蛋白表達(dá)實(shí)驗(yàn)的關(guān)鍵,為保證反應(yīng)的高效性和可重復(fù)性,需要精心構(gòu)建反應(yīng)體系,包括選用合適的模板、化學(xué)物質(zhì)、電解質(zhì)、抗氧化劑和各種工具等。

          2

          反應(yīng)條件

          需要根據(jù)實(shí)驗(yàn)要求調(diào)整反應(yīng)條件,包括溫度、離子強(qiáng)度、pH、反應(yīng)時(shí)間等多個(gè)方面,有利于促進(jìn)核苷酸的轉(zhuǎn)錄和翻譯,以及蛋白質(zhì)的自組裝和成型。

          3

          生產(chǎn)規(guī)模

          無細(xì)胞蛋白表達(dá)技術(shù)可以擴(kuò)大生產(chǎn)規(guī)模,提高生產(chǎn)效率,但需要保證反應(yīng)體系的穩(wěn)定性和可重復(fù)性,同時(shí)要保證反應(yīng)環(huán)境的清潔和消毒,以避免其他污染物的進(jìn)入,從而影響蛋白質(zhì)的純度和活性。


          技術(shù)優(yōu)勢


          1

          更高的蛋白質(zhì)表達(dá)量

          傳統(tǒng)的活細(xì)胞蛋白表達(dá)技術(shù)受限于細(xì)胞本身的多方面因素,其表達(dá)的蛋白質(zhì)數(shù)量往往受到限制。而無細(xì)胞蛋白表達(dá)技術(shù)通過在體外底物濃度高的環(huán)境中進(jìn)行合成反應(yīng),不但避免了傳統(tǒng)活細(xì)胞表達(dá)所面臨的方方面面的限制,還能夠很好地控制反應(yīng)體系,從而獲得表達(dá)量更高的蛋白質(zhì)。

          2

          更快的表達(dá)速度

          傳統(tǒng)活細(xì)胞蛋白表達(dá)需要細(xì)胞生長并達(dá)到最佳密度時(shí)才能進(jìn)行蛋白質(zhì)表達(dá),這個(gè)過程往往需要數(shù)天時(shí)間。而無細(xì)胞蛋白表達(dá)技術(shù)通常只需要數(shù)小時(shí)就能夠完成蛋白質(zhì)的表達(dá),這個(gè)速度明顯快于傳統(tǒng)活細(xì)胞表達(dá)技術(shù)。

          3

          更精準(zhǔn)的蛋白質(zhì)合成

          無細(xì)胞蛋白表達(dá)技術(shù)在體外進(jìn)行蛋白質(zhì)合成,能夠精確控制底物濃度、反應(yīng)溫度、反應(yīng)劑比例等參數(shù),因此可以更加精準(zhǔn)地合成定制的蛋白質(zhì),這對于研究和應(yīng)用來講具有重要意義。

          4

          更靈活控制

          在無細(xì)胞蛋白表達(dá)技術(shù)中,可以使用分離的組分體系進(jìn)行蛋白質(zhì)的合成,可以控制底物和反應(yīng)劑的比例,也可以在適當(dāng)?shù)姆磻?yīng)條件下進(jìn)行自定義的修飾,如蛋白質(zhì)標(biāo)記、藥效分析等。這些優(yōu)點(diǎn)使得無細(xì)胞蛋白表達(dá)技術(shù)更加靈活、可控,適用于更廣泛的應(yīng)用領(lǐng)域。

          無細(xì)胞蛋白表達(dá):突破傳統(tǒng)瓶頸的新興技術(shù)


          圖4:體內(nèi)細(xì)胞和體外無細(xì)胞蛋白質(zhì)合成比較



          應(yīng)用



          無細(xì)胞蛋白表達(dá)技術(shù)是一種飛速發(fā)展的新型生物技術(shù),具有廣闊的應(yīng)用前景和潛力。該技術(shù)可以快速、高效、經(jīng)濟(jì)地合成蛋白質(zhì),可廣泛應(yīng)用于醫(yī)療、制藥、農(nóng)業(yè)、生物材料等多個(gè)領(lǐng)域。


          1

          醫(yī)療領(lǐng)域

          無細(xì)胞蛋白表達(dá)技術(shù)在醫(yī)療領(lǐng)域應(yīng)用廣泛,可以用于生產(chǎn)多種蛋白質(zhì)藥品,如單克隆抗體等。其中,單克隆抗體是一種重要的治療藥物,具有高度特異性和親和力,可用于腫瘤、心血管疾病、自身免疫性疾病等疾病的治療。傳統(tǒng)單克隆抗體生產(chǎn)方法需要花費(fèi)大量時(shí)間和成本,而無細(xì)胞蛋白表達(dá)技術(shù)則可以在短時(shí)間內(nèi)大規(guī)模合成單克隆抗體,從而大大縮短生產(chǎn)周期,并且可以降低成本。此外,無細(xì)胞蛋白表達(dá)技術(shù)也可以用于疫苗研發(fā)。比如瘧疾疫苗研究開發(fā)昂貴又耗時(shí),目前利用WGE系統(tǒng)可加速疫苗研發(fā),并建立高通量瘧原蟲抗體篩查系統(tǒng)。Stark等利用大腸桿菌的便攜式凍干裂解物再水化,1h內(nèi)合成高致病性病原體土拉弗朗西斯菌亞種的生物偶聯(lián)疫苗,與工程菌生產(chǎn)的疫苗相比,其可引發(fā)更高水平的病原體特異性抗體。

          2

          制藥領(lǐng)域

          制藥領(lǐng)域是無細(xì)胞蛋白表達(dá)技術(shù)的一個(gè)重要應(yīng)用領(lǐng)域。藥物開發(fā)的成功率取決于藥物分子對目標(biāo)蛋白的親和力,而目標(biāo)蛋白對于專一的細(xì)胞表達(dá)系統(tǒng)和分類的組織或器官非常敏感。通過無細(xì)胞蛋白表達(dá)技術(shù),研究人員可以在不依賴于細(xì)胞的情況下直接生產(chǎn)大量需要的蛋白質(zhì),為藥物研發(fā)提供了更快更便捷的方法。

          3

          基礎(chǔ)研究領(lǐng)域

          利用無細(xì)胞蛋白質(zhì)合成系統(tǒng)可以直接對表達(dá)產(chǎn)物進(jìn)行核磁共振分析,目前已確定了數(shù)千個(gè)蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)??梢酝ㄟ^合成蛋白質(zhì)建立蛋白質(zhì)陣列,解開基因產(chǎn)物的功能;應(yīng)用核糖體展示和 mRNA 展示技術(shù),更有利于實(shí)現(xiàn)高通量篩選,全面深入研究基因特征和功能。通過無細(xì)胞蛋白表達(dá)技術(shù)可以實(shí)現(xiàn)對大型蛋白質(zhì)的生產(chǎn)和分析,同時(shí)也為基礎(chǔ)研究打開了新的研究領(lǐng)域。


          AI賦能無細(xì)胞蛋白表達(dá)



          隨著計(jì)算機(jī)技術(shù)的不斷發(fā)展和進(jìn)步,機(jī)器學(xué)習(xí)技術(shù)以及基于機(jī)器學(xué)習(xí)的人工智能技術(shù)在生物領(lǐng)域的應(yīng)用也日益成熟和廣泛。同時(shí),由于無細(xì)胞蛋白表達(dá)技術(shù)的新型性和高效性,使得該技術(shù)與人工智能技術(shù)的結(jié)合也更加有前景。當(dāng)前,人工智能正在被廣泛應(yīng)用于科學(xué)和醫(yī)療領(lǐng)域。在無細(xì)胞蛋白表達(dá)研究方面,人工智能已被應(yīng)用于實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)、分析和解釋結(jié)果。
          一方面,人工智能技術(shù)可以為無細(xì)胞蛋白表達(dá)技術(shù)的高效應(yīng)用提供支持。在無細(xì)胞蛋白表達(dá)技術(shù)中,蛋白質(zhì)合成是一個(gè)十分關(guān)鍵和繁瑣的過程,需要進(jìn)行多層面調(diào)控和優(yōu)化。而人工智能技術(shù)則可以利用算法分析數(shù)據(jù),預(yù)測蛋白質(zhì)表達(dá)的最佳參數(shù),并實(shí)現(xiàn)高通量的蛋白質(zhì)表達(dá)。例如,一些研究團(tuán)隊(duì)開發(fā)了一種利用深度學(xué)習(xí)預(yù)測無細(xì)胞蛋白質(zhì)表達(dá)的算法,可以預(yù)測蛋白質(zhì)表達(dá)的最佳條件并改善合成效率。

          另一方面,無細(xì)胞蛋白表達(dá)技術(shù)和人工智能技術(shù)的結(jié)合也可以拓展生物醫(yī)藥領(lǐng)域的應(yīng)用范圍。例如,利用無細(xì)胞蛋白表達(dá)技術(shù)和人工智能技術(shù)可以快速高效地生產(chǎn)一些生物標(biāo)志物或特定蛋白質(zhì),用于生物檢測和診斷。同時(shí),人工智能技術(shù)可以根據(jù)病態(tài)組織特異性標(biāo)識,利用無細(xì)胞蛋白表達(dá)技術(shù)高效合成具有特定作用的生物藥劑,實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)醫(yī)療和個(gè)性化治療,具有廣闊的研究和應(yīng)用前景。


          展望


          無細(xì)胞蛋白表達(dá)技術(shù)是一項(xiàng)革命性的技術(shù),具有非常廣泛的應(yīng)用前景。通過不斷的探索和研究,相信這一技術(shù)將在醫(yī)療、制藥、農(nóng)業(yè)、科學(xué)等領(lǐng)域中發(fā)揮越來越重要的作用,為人類生產(chǎn)和生活帶來更多的可能性。未來,結(jié)合AI技術(shù),無細(xì)胞蛋白表達(dá)技術(shù)有望繼續(xù)創(chuàng)新和發(fā)展,成為生命科學(xué)在全球范圍內(nèi)最為重要的技術(shù)之一。
          無細(xì)胞蛋白表達(dá):突破傳統(tǒng)瓶頸的新興技術(shù)


          圖5:無細(xì)胞蛋白表達(dá)技術(shù)的展望
          無細(xì)胞蛋白表達(dá):突破傳統(tǒng)瓶頸的新興技術(shù)

          參考文獻(xiàn):


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