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1、有一定程度單核苷酸錯誤摻入
TaqDNA聚合酶缺少3’-5’核酸外切酶活性，因而不能糾正反應中發(fā)生的核苷酸錯誤摻人；與大腸桿菌聚合酶IKlenow片段相比較，用TaqDNA聚合酶的反應錯誤摻人相對多些。但在PCR擴增過程中，其錯配率一般只有約1／萬，足可以供特異性分析。
2、操作簡便、快速
目前國內外已有多種類型的PCR擴增儀，只需把反應材料按一定濃度混合，置于儀器內，反應便按所輸入的程序進行。整個PCR操作過程，從標本處理、PCR擴增到產(chǎn)物分析，可在4h內完成全部實驗。擴增產(chǎn)物可直接供作序列分析和分子克隆，擺脫繁瑣的基因分析方法；可直接從總RNA或DNA中或部分DNA已降解的樣品中分離目的基因，省去須先進行克隆后再作序列分析的模式。已固定和包埋的組織或切片亦可用于檢測。
3、對起始材料質量要求低
PCR技術對擴增樣品的要求不高，僅含極微量目的DNA（pg、ng）、DNA粗制樣品或者總RNA，都可用做起始材料來獲得較多的目的產(chǎn)物。擴增樣品既可以是純化的，也可以是粗制的；既可以是新鮮組織，也可以是陳舊樣品；既可以是細胞，也可以是體液；既可以是完整的大分子，也可以是部分降解的DNA。
4、可擴增RNA或cDNA
先按通常方法用寡脫氧核苷酸引物和反轉錄酶將mRNA轉錄成主鏈cDNA，再將得到的單鏈cDNA進行PCR擴增。即使mRNA轉錄片段只有cDNA中的0．01％，也能經(jīng)PCR擴增出10倍242bp對長度的特異性片段。有些外顯子分散在一段很長的DNA中，難于將整段DNA大分子擴增和做序列分析。若以mRNA作為模板，則可將外顯子集中，用PCRl次便完成對外顯子的擴增并進行序列分析。
5、特異性強
自從提取出耐熱TaqDNA聚合酶以來，在熱變性處理時不被消化、不必在每次循環(huán)擴增中再加入新酶，以及在較高溫度下連續(xù)反應，顯著提高了PCR反應產(chǎn)物的特異性。PCR擴增的特異性還依賴于兩個引物設計的好壞，依賴于引物與模板結合的正確性。PCR反應時退火溫度對特異性也有影響，一般來說，退火溫度越高，擴增的特異性越好。高溫啟動法也可增加PCR擴增的特異性，即通過在高溫（70℃）下加入某些必需因子（DNA聚合酶、模板DNA、Mg2+或引物等），使TaqDNA聚合酶僅在反應達到較高溫度（>70℃）時才發(fā)揮作用。其他因素如酶濃度、dNTP、Mg2+、pH值等對PCR的特異性也有一定的影響。
6、敏感性高
PCR產(chǎn)物的生成以指數(shù)方式增加，能將極微量的靶DNA成百萬倍以上地擴增到足夠檢測分析量的DNA，它可對單拷貝基因、單個細胞、單根頭發(fā)、一滴血等微量標本進行分析。
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