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系統(tǒng)中管路阻塞的現(xiàn)象很少見，常見的是燒結(jié)過濾片(玻璃砂芯)阻塞。用燒結(jié)過濾器或過濾片(孔徑2-10um)能去掉阻塞管路的微粒(如0.25mm管徑)。用系統(tǒng)分段法檢查阻塞的管路，從后向前分別松開接頭檢查，找到阻塞管路后，應(yīng)立即拆下來疏導(dǎo)或換新。
如果是非剛性物質(zhì)阻塞，如生物樣品中的生化物質(zhì)(蛋白質(zhì))、微生物等，可用極細的金屬絲導(dǎo)通，也可以在火頭上燒一燒，使有機物炭化，而后再導(dǎo)通。
如果是剛性物質(zhì)阻塞，要導(dǎo)通則十分困難，采用反沖的辦法有時能成功。就是將管子調(diào)頭用泵沖洗。操作時要注意保護眼睛和裸露的皮膚，因阻塞物會以很高的速度沖出來。無法導(dǎo)通的管路要換上同樣規(guī)格的管子。如果換上新管后又被阻塞，則應(yīng)該停機檢查上面提到的引起阻塞的幾種原因。
管頭損壞：
管子切口不平整或密封卡套不平滑都不能密封。要重新切割去壞管頭(包括卡套)，調(diào)換新卡套，裝上接頭擠壓卡緊。大多數(shù)滲漏是由接頭引起的，而不是管子問題。
色譜接頭故障的預(yù)防與解決辦法幾乎所有的接頭故障都是可以避免的，按下列要求可以有效地預(yù)防色譜接頭的故障：
?、偈褂脙x器設(shè)計時的部件(如同一廠商的部件)；
②使用效果好的接頭部件(如零死體積，即樣品通過時V0=0)；
③按要求組裝和擰緊接頭，不可擰得過緊。
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