黄色视频不卡_午夜福利免费观看在线_亚洲国产精品999在线_欧美绝顶高潮抽搐喷水_久久精品成人免费网站_晚上一个人看的免费电影_国产又色又爽无遮挡免费看_成人国产av品久久久

    1. <dd id="lgp98"></dd>
      • <dd id="lgp98"></dd>
        1. 產(chǎn)品展廳收藏該商鋪

          您好 登錄 注冊(cè)

          當(dāng)前位置:
          上海恒遠(yuǎn)生物科技有限公司>資料下載>基因組DNA文庫構(gòu)建*實(shí)驗(yàn)技巧

          資料下載

          基因組DNA文庫構(gòu)建*實(shí)驗(yàn)技巧

          閱讀:2322          發(fā)布時(shí)間:2012-6-21
          提 供 商 上海恒遠(yuǎn)生物科技有限公司 資料大小 29KB
          資料圖片 查看 下載次數(shù) 1383次
          資料類型 WORD 文檔 瀏覽次數(shù) 2322次
          免費(fèi)下載 點(diǎn)擊下載    

           

          基因組DNA文庫構(gòu)建*實(shí)驗(yàn)技巧
          基因組DNA文庫用途十分廣泛,如用于人類及動(dòng)植物基因組學(xué)研究,基因表達(dá)調(diào)控研究,分析、分離特定的基因片段等.通常情況下,基因組文庫構(gòu)建的基本流程可以歸為四大步驟:分離基因組DNA、對(duì)基因組DNA作相關(guān)的處理、將基因組DNA片段連接入載體、將重組載體轉(zhuǎn)入宿主細(xì)胞.
          一、分離基因組DNAgDNA
          毫無疑問,高質(zhì)量的基因組DNA對(duì)于基因組文庫構(gòu)建是至關(guān)重要的.需要通過經(jīng)驗(yàn)來選擇合適的基因組DNA 分離方法,在分離過程中保證DNA不被過度剪切或降解,同時(shí)也要盡量保證DNA的純度.
          二、處理基因組DNA
          根據(jù)研究目的,研究者需要選擇合適的載體.不同的載體對(duì)基因組DNA的長度有不同的要求,必須選擇合適長度的基因組DNA來構(gòu)建基因組文庫.比如,對(duì)于黏粒載體,合適的片段長度大約為40kb;對(duì)于BAC載體,合適的片段長度平均為120kb-300kb.
          構(gòu)建黏粒基因組DNA文庫,需要將基因組DNA用注射器抽打來隨機(jī)剪切DNA;接著用末端修復(fù)酶修復(fù)DNA,可以提高DNA連接入載體的效率;然后通過脈沖場電泳或者普通電泳來找到40kb左右的DNA片段,隨后使用膠回收試劑盒回收DNA.
          構(gòu)建BAC基因組DNA文庫,需要將基因組DNA用限制性內(nèi)切酶(常用EcoR IBamH I或者Hind III)來消化基因組DNA,然后通過脈沖場電泳找到合適長度的DNA片段(比如100kb-150kb,隨后透析回收DNA.
          需要注意:
          1)電泳時(shí),要選用合適的DNA Ladder,以保證電泳后可以準(zhǔn)確定位所需分子量的DNA.
          2)電泳以后,應(yīng)盡量縮短用紫外光照射目標(biāo)DNA的時(shí)間,否則會(huì)顯著降低克隆效率.
          3)回收DNA的時(shí)候,應(yīng)該要避免過度離心,以防止DNA被剪切,降低文庫質(zhì)量.
          三、載體的選擇
          目前,常用的基因組文庫載體有黏粒載體、P1噬菌體載體、PAC載體(P1人工染色體)、BAC載體(細(xì)菌人工染色體)和YAC載體(酵母人工染色體).選用何種載體可以參考如下幾個(gè)因素:
          1
          、目標(biāo)區(qū)域的大?。?/span>
          如果基因組的目標(biāo)區(qū)域很?。ㄐ∮?/span>50kb,那么可以選擇黏粒載體甚至λ噬菌體載體.利用現(xiàn)有的商品化的黏粒載體、率的包裝混合物和合適的大腸桿菌菌株,可以方便的構(gòu)建黏粒載體文庫.
          如果基因組的目標(biāo)區(qū)域比較大,那么P1PAC或者BAC就比較合適了.P1操作比較困難,PAC相對(duì)簡便.BAC載體也是很好的選擇,可以利用現(xiàn)有的成熟產(chǎn)品來構(gòu)建BAC文庫,比如商業(yè)化的一系列BAC載體及配套試劑盒.
          如果目標(biāo)區(qū)域非常大(大于250kb,那么YAC載體就是了.不過,應(yīng)用YAC載體來構(gòu)建基因組文庫,操作非常繁瑣困難.
          1 各種載體的比較
          載體     容量(kb宿主     導(dǎo)入細(xì)胞方式
          黏粒     30-45 大腸桿菌         轉(zhuǎn)導(dǎo)
          P1       70-100
          大腸桿菌        轉(zhuǎn)導(dǎo)
          PAC      130-150
          大腸桿菌       電轉(zhuǎn)
          BAC      120-300
          大腸桿菌       電轉(zhuǎn)
          YAC      250-400
          酵母           轉(zhuǎn)化
          2
          、篩選文庫的難易程度:
          黏粒載體一般使用傳統(tǒng)的濾膜影印雜交來篩選,但是這種方法對(duì)于構(gòu)建區(qū)域圖譜及疊連群來說既費(fèi)力又浪費(fèi).大容量載體文庫,P1、PAC、BACYAC,以二維陣列保存,既可以用傳統(tǒng)的單拷貝的探針雜交法篩選,又可以用PCR進(jìn)行多克隆的群體篩選.而且,使用高容量載體構(gòu)建文庫,可以減少染色體步查的步驟.
          3
          、載體拷貝數(shù)的考慮:
          當(dāng)把大片段DNA片段克隆到高拷貝的載體時(shí),克隆DNA會(huì)發(fā)生重組,從而影響克隆序列的保真性和穩(wěn)定性;而單拷貝載體的低產(chǎn)量DNA是高通量分析的瓶頸.對(duì)這一矛盾的解決方案可采用EPICENTRE公司的CopyControlTM克隆系統(tǒng),CopyControlTM技術(shù)整合了單拷貝載體與多拷貝載體的優(yōu)點(diǎn).單拷貝載體能提高插入片段的穩(wěn)定性,而且能在誘導(dǎo)劑的作用下,即時(shí)擴(kuò)增出高拷貝數(shù)的克隆而獲得高產(chǎn)量的DNA.
          四、將基因組DNA片段連接入載體
          使用連接酶把上述大小合適的DNA片段連接入載體.許多商業(yè)化載體已經(jīng)經(jīng)過預(yù)處理,可以直接使用,無需內(nèi)切酶消化及脫磷酸化處理.選用連接快、效率高的連接酶,連接反應(yīng)體系以100μl為宜.
          注意:BAC載體連接完以后,需要將連接產(chǎn)物做脫鹽處理,除去連接反應(yīng)緩沖液里的鹽分.
          五、將重組載體轉(zhuǎn)入宿主細(xì)胞
          如果構(gòu)建黏粒文庫,需要用包裝蛋白來包裝上述的連接反應(yīng)產(chǎn)物,測定包裝好的黏??寺〉牡味?/span>,然后轉(zhuǎn)染.挑出重組子,鑒定插入片段的大小.如果文庫的大小和質(zhì)量都令人滿意的話, 就可以鋪板進(jìn)行文庫篩選,或者擴(kuò)增、保存文庫.
          如果構(gòu)建BAC文庫,應(yīng)選擇電轉(zhuǎn)法,將上述連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)入受體菌,涂板長出克隆.獲得克隆后需要對(duì)BAC克隆的大小進(jìn)行評(píng)估,確定文庫大小是否能夠滿足要求.如果文庫大小合適,就可以進(jìn)行后續(xù)操作了.
          六、文庫克隆數(shù)的確定
          基因組DNA文庫需要包含足夠多的克隆,來保證文庫的代表性.一般使用如下的經(jīng)驗(yàn)公式來確定:
          N = ln (1-P ) / ln (1-f ) P
          是希望得到的覆蓋率,f是插入片段大小與基因組DNA大小的比值,N是所需的克隆數(shù).
          舉例來說,BAC載體構(gòu)建人類基因組文庫,人類基因組大小為3 x 109 bp, 插入片段大小為100kb,希望覆蓋率99%,那么所需要的BAC克隆數(shù)為
          N = ln (1 - 0.99) / ln (1 - [106bp / 3 x 109 bp]) = 138,298
          資料:
          材料
          緩沖液和溶液
          -
          堿裂解液I , 4°C
          50 mM
          葡萄糖
          25 mM Tris-Cl (pH 8.0)
          10 mM EDTA (pH 8.0)
          配制堿裂解液I 100ml,滅菌,保存在四度.
          -
          堿裂解液II,新鮮配置,室溫保存
          0.2 N NaOH
          (從10NNaOH新鮮制備)
          1% (w/v) SDS
          堿裂解液II應(yīng)該新鮮配制,室溫保存.
          -
          堿裂解液III, 4°C
          5M
          醋酸鉀,60ml
          冰醋酸,11.5ml
          SDW,28.5ml -
          酒精
          - 70%
          酒精 - 異丙醇 - 酚:氯 仿(11, v/v
          -
          醋酸鈉3M,pH5.2
          - STE,4°C
          10 mM Tris-Cl (pH 8.0)
          0.1 M NaCl
          1 mM EDTA (pH 8.0)
          - TE (pH 8.0)
          10 mM Tris-Cl (pH 8.0)
          10 mM EDTA (pH 8.0)
          載體與菌株 BAC轉(zhuǎn)化的大腸桿菌
          培養(yǎng)基和抗生素12.5μg/ml氯霉素的LB平板和液體培養(yǎng)基
          酶和緩沖液
          溶菌酶
          RNaseA,
          不含DNase
          限制性內(nèi)切酶和相應(yīng)緩沖液
          核苷酸/寡核苷酸
          用于脈沖場凝膠電泳(pulsed-field gel electrophoresis)的DNA
          標(biāo)準(zhǔn)參照物
          凝膠/點(diǎn)樣緩沖液
          脈沖場凝膠電泳(Pulsed-field gels,或者0.5%瓊脂糖凝膠離心機(jī)/轉(zhuǎn)頭/離心管
          其他 37攝氏度搖床
          1.BAC DNA
          大量提取方案(參考文獻(xiàn):Molecular cloning: A Laboratory Manual Third Edition
          此方案適合從500ml的菌液中提取BAC DNA,一般可以產(chǎn)生20-25μg純化的DNA.
          方法
          1.
          50μl BAC轉(zhuǎn)化菌的過夜培養(yǎng)物接種到500ml12.5μg/ml氯霉素的LB液體培養(yǎng)基中,37震蕩(280rpm)培養(yǎng)1216小時(shí).
          2.2500g,4
          ,離心15min,收集菌體.
          3.
          100ml冰預(yù)冷的STE重新懸浮細(xì)菌沉淀.按步驟2方法離心收集細(xì)菌.
          4.
          24mlRNase100μg/ml)的堿性裂解液I溶解細(xì)菌.加溶菌酶至終濃度為1mg/ml.
          5.
          加入24ml新鮮配置的堿性裂解液II.蓋緊離心瓶蓋,輕輕翻轉(zhuǎn)瓶子數(shù)次,使內(nèi)容物*混勻,冰裕5min.
          6.
          加入24ml冰預(yù)冷的堿性裂解液III,蓋緊瓶蓋,輕輕翻轉(zhuǎn)瓶子數(shù)次,使內(nèi)容物*混勻,置冰上5min.
          7.15000g,4
          ,離心10min,將上清轉(zhuǎn)移到另一離心瓶中,棄沉淀.
          8.
          加等體積的酚:氯 仿.輕輕翻轉(zhuǎn)離心瓶數(shù)次,混勻.3000g,室溫離心15min.
          9.
          將水相移至另一離心瓶中,加入等體積的異丙醇,翻轉(zhuǎn)離心瓶數(shù)次,混勻.
          10.15,000g,
          室溫離心15分鐘,回收核酸沉淀.
          11.
          棄上清,20ml 70%乙醇漂洗沉淀.
          12.
          棄乙醇,風(fēng)干使乙醇揮發(fā)殆盡.
          13.
          小心將BAC DNA沉淀溶于0.2ml TE (pH8.0) .
          2.BAC DNA
          的小量提取(參考文獻(xiàn):Molecular cloning: A Laboratory Manual Third Edition
          此方案適合從5ml菌液中提取BAC DNA,一般可以產(chǎn)生0.1-0.4μgBAC DNA.
          方法:
          1.
          挑取單菌落接種至5ml12.5μg/ml氯霉素的LB培養(yǎng)基中,37劇烈震搖過夜.
          2.2000g,4
          ,離心5min,收集菌體.
          3.
          在每個(gè)離心管中加5ml預(yù)冷的STE,用移液器吹懸細(xì)菌沉淀.按步驟2離心收集細(xì)菌.
          4.
          將菌體重懸于200ul冰冷的堿性裂解液I.將菌體轉(zhuǎn)移至預(yù)冷的微量離心管中,置于冰上.
          5.
          向管中加入400μl新鮮配置的堿性裂解液II.輕輕翻轉(zhuǎn)數(shù)次,將離心管置于冰上.
          6.
          向管中加入300μl冰冷的堿性裂解液III,輕輕翻轉(zhuǎn)數(shù)次.將離心管置于冰上5min.
          7.
          在微量離心機(jī)上以zui大速度4離心5min,除去細(xì)胞碎片沉淀.將上清移入一新的微量離心管中.室溫下加入900μl異丙醇,輕輕翻轉(zhuǎn)數(shù)次離心管,混勻.
          8.
          立即在微量離心機(jī)上室溫下zui大速離心5min,使核酸沉淀.棄去上清,1ml 70%乙醇小心漂洗.室溫下離心2min,吸去乙醇.室溫干燥沉淀5-10min,將沉淀溶于50μl TEpH8.0)中.

          收藏該商鋪

          請(qǐng) 登錄 后再收藏

          提示

          您的留言已提交成功!我們將在第一時(shí)間回復(fù)您~

          對(duì)比框

          產(chǎn)品對(duì)比 產(chǎn)品對(duì)比 聯(lián)系電話 二維碼 意見反饋 在線交流

          掃一掃訪問手機(jī)商鋪
          13636351217
          在線留言
          南澳县| 麻城市| 扎赉特旗| 昌宁县| 竹北市| 新绛县| 镇坪县| 米泉市| 定西市| 贵州省| 南京市| 白水县| 龙川县| 常州市| 玉环县| 襄樊市| 兰西县| 潞城市| 萨嘎县| 扶绥县| 涟水县| 中阳县| 东乌珠穆沁旗| 嵩明县| 定南县| 射阳县| 隆回县| 双鸭山市| 宜兰县| 阿尔山市| 平阳县| 彭阳县| 淮北市| 芮城县| 徐水县| 新安县| 同德县| 福鼎市| 奇台县| 宜良县| 南岸区|