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 二氧化碳培養(yǎng)箱中的主要污染源：細(xì)菌、真菌（霉菌和酵母菌）、病毒、支原體、非同種細(xì)胞。 
      對于細(xì)胞來說，理想的培養(yǎng)環(huán)境同樣也適合這些污染物的生存，培養(yǎng)箱本身是不會辨別的，而細(xì)胞培養(yǎng)中大部分時間里細(xì)胞都是位于培養(yǎng)箱內(nèi)，因此箱體內(nèi)能否抑菌或滅菌關(guān)鍵！ 
      細(xì)菌：細(xì)菌污染后，培養(yǎng)基1-2天就會變色，對細(xì)胞生長影響明顯，應(yīng)迅速將污染細(xì)胞與其它細(xì)胞系隔離，滅菌后丟棄，還要用實(shí)驗室消毒劑消毒培養(yǎng)器皿和超凈臺。 
      病毒：由于病毒寄生生存，爆發(fā)后盡快和正常細(xì)胞隔離，丟棄處理，相對來說容易處理，對操作者威脅較大；盡管病毒污染的細(xì)胞不影響原代培養(yǎng)，但生產(chǎn)疫苗是不安全的。因此，潛在病毒是細(xì)胞大量生產(chǎn)和疫苗、干擾素等生物制品制作中的難題。
真菌（霉菌和酵母菌）：真菌生長的比較慢，不象細(xì)菌那么容易被發(fā)現(xiàn)，但是一旦發(fā)現(xiàn)有它的存在細(xì)胞就被污染了；目前沒有好的抑制方法，包括現(xiàn)在常用的兩性霉素，一旦污染容易反復(fù)爆發(fā)，尤其孢子很難殺滅。 
支原體：支原體污染后，因為它們不會使細(xì)胞死亡可以與細(xì)胞長期共存，培養(yǎng)基一般不發(fā)生渾濁，細(xì)胞無明顯變化，外觀上給人以正常感覺，實(shí)則細(xì)胞已經(jīng)受到多方面潛在影響，如引起細(xì)胞變形，影響DNA合成，抑制細(xì)胞生長等，往往被大多數(shù)實(shí)驗者忽視。 
非同種細(xì)胞：即細(xì)胞交叉污染，由于細(xì)胞培養(yǎng)操作時各細(xì)胞株所需的器材和溶液沒有嚴(yán)格分開，往往會使一種細(xì)胞被另一種細(xì)胞污染。目前，世界上已有幾十種細(xì)胞都被HeLa細(xì)胞所污染，致使許多實(shí)驗宣告無效。
因此，以上污染一旦發(fā)生，細(xì)胞*后基本只能丟棄，實(shí)驗無法挽救，對于許多取樣困難的實(shí)驗損失無法估量！ 
 目前，二氧化碳培養(yǎng)箱的滅菌技術(shù)主要有干熱、濕熱、紫外燈照射、消毒劑擦拭等。 
 高溫干熱空氣滅菌是目前的*有效的滅菌技術(shù)，能消滅所有微生物污染源（包括耐高溫的芽孢桿菌）；濕熱滅菌通常用于高壓蒸汽滅菌中，比較少用在CO2培養(yǎng)箱上，濕熱滅菌在常壓下又叫煮沸法，煮沸的水溫一般至少需為100℃，細(xì)菌繁殖體煮沸5分鐘被殺死，但芽胞常需煮沸2小時以上才可被殺死；紫外燈照射法的有效性受很多因素影響，如遮擋、時間、強(qiáng)度、照射距離，濕度等，滅菌效果很難保證；消毒劑擦拭法是對表面滅菌的方法，適合于平整的表面如實(shí)驗臺面，而箱體內(nèi)部設(shè)計的死角、各種器件因無法擦拭等因素導(dǎo)致滅菌效果也很有限，而且含氯、碘的消毒劑對于不銹鋼有腐蝕作用，不能對不銹鋼箱體進(jìn)行擦拭滅菌。