你知道PCR技術的基本原理、各步驟的目的是什么嗎?讓我們一起來看看吧!
一、PCR技術基本原理
PCR是一種選擇性體外快速擴增DNA片段的方法。在體外以類似于細胞內DNA的半保留復制過程,以擬擴增的模板DNA分子,與模板DNA互補的寡核苷酸引物、DNA聚合酶、4種dNTP及適合的緩沖體系組成的反應體系,經(jīng)過重復地變性一退火一延伸三步,擴增新的目的DNA鏈,這個過程通過控制反應體系的溫度來實現(xiàn)。
PCR包含下列三步反應:
1、變性(denaturation)
將反應體系混合物經(jīng)加熱至94℃左右,維持較短的時間,使雙鏈DNA變成單鏈DNA,便于下一步引物的結合。
2、退火(annealing)
將反應體系溫度下降到特定溫度(一般是引物的Tm值以下),引物與DNA模板以堿基互補的方式結合,形成模板-引物雜交雙鏈。退火溫度是保證引物與DNA模板互補結合的關鍵。由于引物結構簡單,加之引物量遠遠大于模板DNA的數(shù)量,所以DNA模板單鏈之間的互補結合很少。
3、延伸(elongation)
將反應體系的溫度上升到72℃左右并維持一段時間,在Taq DNA聚合酶的作用下,以引物為起始點,以4種單核苷酸(dNTP)為底物,從5'→3'方向延伸反應,合成新的DNA雙鏈。
以上三步反應為一個循環(huán),重復進行變性、退火、延伸這三步反應,如此反復循環(huán)可以使DNA以指數(shù)形式進行擴增。上述過程1.5小時左右完成,從而使所需的目的DNA片段擴增放大百萬倍。
二、PCR各步驟目的
1、預變性
破壞DNA中可能存在較難破壞的二級結構。使DNA充分變性,減少DNA復雜結構對擴增的影響,以利于引物更好地和模板結合,特別是對于基因組來源的DNA模板,最好不要省去這個步驟。此外,在一些使用熱啟動Taq酶的反應中,還可激活Taq酶,從而使PCR反應得以順利進行。
2、變性一退火一延伸循環(huán)
(1)模板DNA的變性
模板DNA經(jīng)加熱至93℃左右一定時間后,使模板DNA雙鏈或經(jīng)PCR擴增形成的雙徒DNA解離,使之成為單鏈,以便它與引物結合,為下輪反應做準備。
(2)模板DNA與引物的退火(復性)
模板DNA經(jīng)加熱變性成單鏈后,溫度降至55℃左右,引物與模板DNA單鏈的互補序列配對結合。
(3)引物的延伸
DNA模板—引物結合物在TaqDNA聚合酶的作用下,以dNTP為反應原料,靶序列為模板,按堿基配對與半保留復制原理,合成一條新的與模板DNA鏈互補的半保留復制鏈。
3、PCR儀擴增循環(huán)后72℃延伸10分鐘
用PCR儀擴增時,變性一退火一延伸循環(huán)完成后,繼續(xù)72℃延伸10分鐘的原因是:
(1)在反應體系一定的條件下,延伸時間取決于待擴增DNA片段的長度。例如,使用Taq DNA聚合酶,72℃時的堿基摻入率為35~100bp/s,因此延伸速率為1kb/min。
(2)根據(jù)延伸速率推得,擴增1kb以內的DNA片段1分鐘即可,而3~4kb則需要3~4分鐘,依次類推。通常,在最后一輪要適當?shù)貙⒀由鞎r間延長至4~10分鐘,這樣做是使PCR反應wan全以提高擴增產(chǎn)量。
(3)繼續(xù)72℃延伸10分鐘除了可以使PCR反應wan全以提高擴增產(chǎn)量外,還有一個作用是:在用普通Taq酶進行PCR擴增時在產(chǎn)物末端加A尾的作用,可以直接用于TA克隆的進行。
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