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更新時間:2023-07-11 14:22:53瀏覽次數(shù):371次
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一、新一代高通量單細胞測序系統(tǒng)的原理:
10x Genomics自2016年進軍單細胞領域以來,最開始以經(jīng)典款儀器——Chromium Controller不斷開發(fā)新應用,解鎖單細胞多組學。隨后,為了解放科研人員的雙手,減少人為誤差,又推出了單細胞捕獲自動化工作站—— Chromium Connect。然而,就在最近,為了滿足科研工作者對更高通量單細胞捕獲的需求,10x 推出了Chromium X,即百萬單細胞捕獲的神器,帶您探索更多可能!
當10x Genomics的Chromium Controller問世以來,科學家就驚嘆于它的高通量,一次上機,八個通道,高通量可做到捕獲8萬個單細胞。如此高的通量和單細胞分辨率大大提速了科研工作者的研究,新的發(fā)現(xiàn),新的成果層出不窮,高分文章發(fā)發(fā)發(fā)不停!
但是,通過對近幾年單細胞文章捕獲的細胞數(shù)量的統(tǒng)計,我們也會發(fā)現(xiàn),現(xiàn)在文章中所涉及到的細胞數(shù)目也越來越多了,更多的單細胞數(shù)據(jù),有助于我們拿到更好的實驗結果。
三、并且,在我們面對一些特定的科學問題的時候,我們確實是需要百萬級別的單細胞才能解開一個真相,比如說:
(1)人類器官圖譜構建。對于一個器官而言,其細胞的多樣性絕不是幾萬甚至幾十萬個細胞就能*描繪的,我們需要做到百萬級別的細胞數(shù)量,才能全面的描繪一個器官所有的細胞類型,這個時候,Chromium X無疑是我們更好的選擇!
(2)CRISPR篩選。在CRISPR單細胞篩選的過程中,一般需要將一種gRNA導入到80-100個細胞中,然后看其對基因的擾動。如果我們有一個1萬條gRNA的庫,那么我們就需要捕獲百萬級別的單細胞來進行CRISPR篩選,這個時候,Chromium X將是我們研究的利器!
(3)T/B細胞克隆亞型分析。對于免疫研究的老師,大家都知道TCR/BCR的克隆亞型極其豐富,如果我們只測幾萬個細胞,是很難覆蓋所有的克隆亞型的,這個時候,Chromium X將給您帶來更大的幫助!
更重要的一點是,如果您使用Chromium X進行高通量單細胞捕獲,還可以大大降低單個細胞的捕獲成本。
Chromium X的單細胞捕獲原理還是基于Next GEM的微流控捕獲原理,細胞和反應試劑及Geal Beads被包裹在一個油滴里。每個油滴形成一個微反應體系,同細胞里的RNA被標記上相同的10x Barcoded。測序后,對單細胞數(shù)據(jù)進行拆分。不過,Chromium X有16個通道,每個通道最多可以捕獲2萬個單細胞。此外,現(xiàn)在10x Genomics的儀器還支持混樣(CellPlex),一個通道最多可以混12個樣本,混樣后,一個通道最多可以拿到4.6萬個單個細胞,一次上機,最多可以拿到73萬個單個細胞(該數(shù)字是去除雙細胞拿到的最終單個細胞數(shù)量)。雙細胞捕獲率為0.4%/1000個細胞。上機一次運行的時間不超過18min。此外,X還加入了溫控裝置,確保拿到的數(shù)據(jù)質量更高。
五、Chromium X,可以做哪些應用?
高通量版本的Chromium X,不僅可以實現(xiàn)之前的Chromium Controller的單細胞3端轉錄組解決方案,同時還可以進行細胞表面蛋白的檢測,CRISPR單細胞大規(guī)模篩選,靶向捕獲,及混樣(CellPlex);還可以實現(xiàn)基于5端RNA捕獲的單細胞免疫組解決方案,檢測單細胞全長配對的VDJ序列,細胞表面蛋白檢測,抗原特異性檢測,靶向捕獲,CRISPR篩選(2022年推出),混樣(2022年推出)。此外Chromium X還可以兼容Chromium Controller 的試劑和芯片。也就是說,您可以直接將八個通道的Chromium Controller芯片用于Chromium X上,并且這個時候,我們就可以在Chromium X上實現(xiàn)Chromium Controlle的所有應用,如單細胞ATAC,單細胞ATAC+mRNA等。
重量 :18.8 kg
體積:寬 x 深 x 高=28.6 厘米x 48.3 厘米x 27.3 厘
電氣要求:100–240 VAC, 50/60 Hz, 250 W,90–264 V 工作范圍(額定值的 +/- 10%),過壓類別 II(標準插座)
工作溫度:18–28°C
濕度:30–80% R.H. 非冷凝
海拔高度:0-2286 米
電源線長度:2 m-包括特定國家/地區(qū)的適配器
七、Chromium X 數(shù)據(jù)展示:
10x內部數(shù)據(jù)測試,在Chromium X上用Chromium Controller的芯片和試劑(可以叫做標準試劑芯片)進行單細胞轉錄組,免疫組,ATAC及ATAC+mRNA的實驗,然后與Chromium Controller儀器上獲得的數(shù)據(jù)進行對比,發(fā)現(xiàn)二者的相關性系數(shù)很高,說明Chromium X*兼容Chromium Controller的芯片和試劑,所以大家不必有顧慮!
八、此外,10x還在Chromium X上做了使用高通量試劑芯片和標準試劑芯片的數(shù)據(jù)比較。實驗中使用新鮮骨髓穿刺樣本,獲取單細胞懸液,用130個抗體進行孵育,然后過流式篩選孵育上抗體的細胞,然后分別進行Chromium X高通量單細胞捕獲和Chromium X標準通量捕獲,最終標準通量捕獲到8269個細胞,高通量捕獲到17581個細胞,然后進行單細胞轉錄組,VDJ,細胞表面蛋白的檢測。
九、根據(jù)檢測結果,我們發(fā)現(xiàn),高通量捕獲的細胞數(shù)量多,更能檢測出一些稀有的細胞類型,以及低豐度的TCR克隆亞型。
十、斑馬魚(北京)科技有限公司是10x Genomics公司的經(jīng)銷商,為您提供參數(shù),報價,實驗指導,安裝培訓,售后等服務。
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